(1)读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2 (2)清除df1与df2中的重复数据和缺失数据(df1清除存在NaN的行,df2清除“Gene Symbol”列存在NaN的行) (3)df2新增一列“gene”其值为“Gene Symbol”列的第一个基因名,df1的“ID_REF”列重命名为“ID”列,df2保留“ID”和“gene”列然后与df1合并为df,df中gene名相同的记录表达量取平均值,打印df (4)转置df,并在后面添加一列label,以“N”标识正常样本,以“C”标识肿瘤样本,这些信息可以从“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件的“!Sample_title”行提取,打印并保存df (5)将“label”列转换为哑变量(k-1),并作为df的最后一列,删除label列 (6)任选两个基因,分别对其表达量进行离差标准化和标准差标准化(结果不需要保存到df中) (7)尝试任选一个基因,离散化其表达量(不需要保存) (8)统计df的每个基因在肿瘤和正常样本上表达量的平均值,并保存为A (9)提前A中表达量差值的绝对值最大的10个基因名
时间: 2023-10-08 14:11:01 浏览: 325
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很抱歉,作为一个语言模型,我没有权限读取或处理本地文件。我能够提供的帮助是,根据您的指示生成代码以供您在本地执行。以下是回答您的问题的Python代码:
(1)读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2
```python
import pandas as pd
df1 = pd.read_csv("GSE83148_series_matrix.txt", sep="\t", skiprows=31)
df2 = pd.read_csv("GPL570-55999.txt", sep="\t", skiprows=31)
```
(2)清除df1与df2中的重复数据和缺失数据(df1清除存在NaN的行,df2清除“Gene Symbol”列存在NaN的行)
```python
df1.drop_duplicates(inplace=True)
df1.dropna(inplace=True)
df2.drop_duplicates(inplace=True)
df2.dropna(subset=["Gene Symbol"], inplace=True)
```
(3)df2新增一列“gene”其值为“Gene Symbol”列的第一个基因名,df1的“ID_REF”列重命名为“ID”列,df2保留“ID”和“gene”列然后与df1合并为df,df中gene名相同的记录表达量取平均值,打印df
```python
df2["gene"] = df2["Gene Symbol"].apply(lambda x: x.split("|")[0])
df1.rename(columns={"ID_REF": "ID"}, inplace=True)
df = pd.merge(df1, df2[["ID", "gene"]], on="ID")
df = df.groupby(["gene"]).mean().reset_index()
print(df)
```
(4)转置df,并在后面添加一列label,以“N”标识正常样本,以“C”标识肿瘤样本,这些信息可以从“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件的“!Sample_title”行提取,打印并保存df
```python
sample_title = pd.read_csv("GSE83148_series_matrix.txt", sep="\t", nrows=28, header=None)
sample_title = sample_title.iloc[27,:].str.split("_")
sample_title = sample_title.apply(lambda x: "N" if x[1]=="N" else "C")
df = df.T
df["label"] = sample_title.values
df = df.T
print(df)
df.to_csv("df.csv", index=False)
```
(5)将“label”列转换为哑变量(k-1),并作为df的最后一列,删除label列
```python
dummy = pd.get_dummies(df["label"], drop_first=True)
df = pd.concat([df, dummy], axis=1)
df.drop(columns=["label"], inplace=True)
```
(6)任选两个基因,分别对其表达量进行离差标准化和标准差标准化(结果不需要保存到df中)
```python
from sklearn.preprocessing import scale
# 离差标准化
gene1 = df.loc["Gene1"]
gene1_normalized = (gene1 - gene1.min()) / (gene1.max() - gene1.min())
# 标准差标准化
gene2 = df.loc["Gene2"]
gene2_normalized = scale(gene2)
```
(7)尝试任选一个基因,离散化其表达量(不需要保存)
```python
# 假设选择"Gene3"
gene3 = df.loc["Gene3"]
gene3_discretized = pd.cut(gene3, bins=3, labels=["Low", "Medium", "High"])
```
(8)统计df的每个基因在肿瘤和正常样本上表达量的平均值,并保存为A
```python
A = df.groupby(lambda x: "N" if x.endswith("N") else "C").mean().T
```
(9)提前A中表达量差值的绝对值最大的10个基因名
```python
diff = abs(A["C"] - A["N"])
top10 = diff.nlargest(10).index.tolist()
```
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