fasta格式转csv
时间: 2023-10-14 10:06:34 浏览: 306
phylip2fasta.py_fasta_phylip_
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您可以使用Python中的pandas库将fasta格式转换为csv格式。以下是示例代码:
```python
import pandas as pd
# 读取fasta文件
with open('example.fasta', 'r') as f:
data = f.readlines()
# 提取序列ID和序列
ids = []
seqs = []
for line in data:
if line.startswith('>'):
ids.append(line.strip())
seqs.append('')
else:
seqs[-1] += line.strip()
# 将ID和序列转换为DataFrame并保存为csv文件
df = pd.DataFrame({'ID': ids, 'Sequence': seqs})
df.to_csv('example.csv', index=False)
```
将上述代码保存为Python脚本并运行后,将生成名为`example.csv`的文件,其中第一列为序列ID,第二列为序列。
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