但是void addViaNodes(List<BNRoutePlanNode> var1)方法每次都添加一个list，添加第二次的话list有两条数据，它还会算上第一次添加的list数据，从而导致途径点变成 1和3，没有途经点2

你说得对，我理解有误。那么，你可以在每次添加途径点之前，先将已有的途径点清除，然后再添加新的途径点。具体代码如下：

protected List<BNRoutePlanNode> list = new ArrayList<>(); 

@Override
protected void addWaypoint(PoiInfo poiInfo) {
    BNRoutePlanNode build = new BNRoutePlanNode.Builder()
            .latitude(poiInfo.getLocation().latitude)
            .longitude(poiInfo.getLocation().longitude)
            .name(poiInfo.name)
            .description(poiInfo.name)
            .build();
    if (!list.contains(build)) {
        list.clear(); // 清除已有的途径点
        list.add(build); // 添加新的途径点
        BaiduNaviManagerFactory.getRouteGuideManager().setViaNodes(list); // 设置途径点
    }
    //设置最大途径点的个数（支持4~18个）
    BaiduNaviManagerFactory.getCommonSettingManager().setViaPointCount(4);
    mAllPoi.clear();
    setSessionOver(true);
}

这样，每次添加途径点时，都会先清除已有的途径点，然后再添加新的途径点，避免了之前添加的途径点被重复计算的问题。