不使用bio,编写python脚本,读取目的基因的genbank格式文件,并输出无回车和空行的fasta文件,命名为gene_seq.fa。 截取序列的cds区,并构建名为“cds_seq.fa”的fasta文件,按照fasta格式打印输出cds区
时间: 2024-10-26 14:16:51 浏览: 17
gb2fasta:Perl脚本,用于将GenBank记录转换为FASTA格式
为了实现这个需求,你可以使用Python的`biopython`库来处理GenBank格式文件。首先,需要安装`biopython`,如果你还没有安装,可以使用以下命令:
```bash
pip install biopython
```
接下来,是一个简单的脚本示例,它会完成你的要求:
```python
from Bio import SeqIO
# 读取GenBank文件
def read_gb_file(input_file):
record = SeqIO.read(input_file, "genbank")
return record
# 提取CDS区并转换为Fasta格式
def extract_cds(record):
cds_start = record.features[0].location.start.position
cds_end = record.features[0].location.end.position
cds_seq = str(record.seq)[cds_start-1:cds_end]
return cds_seq
# 输出无回车和空行的Fasta文件
def write_fasta(output_file, seq):
with open(output_file, 'w') as f:
f.write(f">{record.id}\n{seq.strip()}\n")
# 主函数
def main():
input_file = "your_genbank_file.gb" # 替换为你实际的GenBank文件名
gene_record = read_gb_file(input_file)
cds_seq = extract_cds(gene_record)
write_fasta("gene_seq.fa", cds_seq)
cds_fasta_output = "cds_seq.fa"
write_fasta(cds_fasta_output, ">CDS\n" + cds_seq) # 添加CDS标签
if __name__ == "__main__":
main()
```
**
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