岭回归交叉验证r语言画出cv error图

时间: 2023-12-20 12:06:37 浏览: 207
在R语言中,可以使用“glmnet”包进行岭回归交叉验证,并绘制CV error图。以下是基本步骤: 1. 安装并加载“glmnet”包,准备数据集。 ``` install.packages("glmnet") library(glmnet) # 准备数据集 data <- read.csv("data.csv") x <- data[,1:10] # 自变量 y <- data[,11] # 因变量 ``` 2. 进行交叉验证,并选择最优的lambda值。 ``` cv_model <- cv.glmnet(x, y, alpha = 0) best_lambda <- cv_model$lambda.min ``` 3. 使用最优lambda值拟合岭回归模型,并预测测试集。 ``` ridge_model <- glmnet(x, y, alpha = 0, lambda = best_lambda) predicted <- predict(ridge_model, newx = x, s = best_lambda) ``` 4. 绘制CV error图。 ``` plot(cv_model) ``` 这将绘制一个CV error图,包括横轴(log(lambda))、纵轴(交叉验证误差)、误差范围(标准误差),以及一个垂直线,表示最优lambda值。 需要注意的是,CV error图仅仅是用于帮助选择最优的lambda值,而不是选择最终的模型。在确定最优的lambda值之后,需要使用所有可用数据集对岭回归模型进行拟合,并使用该模型进行预测。
相关问题

以下代码:library(caret) set.seed(123) # 生成5030的随机数据 data <- matrix(rnorm(5030), nrow=50) # 生成三组不同的原始模型系数 coef1 <- rnorm(30) coef2 <- rnorm(30, mean=2) coef3 <- rnorm(30, sd=0.5) # 生成响应变量 y <- rnorm(50) # 将数据转为数据框并添加列名 data <- as.data.frame(data) colnames(data) <- paste0("X", 1:30) # 计算CV值 ctrl <- trainControl(method="cv", number=5) cv <- train(x=data, y=y, method="lm", trControl=ctrl) # 画出CV error图和Prediction error图 par(mfrow=c(1,2)) plot(cv, main="CV Error Plot") plot(cv$pred, y, main="Prediction Error Plot") # 基于一倍标准差准则给出参数值上限 param_max <- coef1 + 1sd(coef1)。发生了以下错误:Error in plot.train(cv, main = "CV Error Plot") : There are no tuning parameters with more than 1 value.。导致无法完成:要求: (1)5030,30个变量 (2)原始模型为线性 (3)给出三组不同的原始模型系数 (4)计算出CV值(线性回归) (5)画出CV error图和Prediction error图(岭回归) (6)基于一倍标准差准则给出参数值上限。所以请修改代码,以完成要求任务

修改后的代码如下: ``` library(caret) set.seed(123) # 生成5030的随机数据 data <- matrix(rnorm(5030), nrow=50) # 生成三组不同的原始模型系数 coef1 <- rnorm(30) coef2 <- rnorm(30, mean=2) coef3 <- rnorm(30, sd=0.5) # 生成响应变量 y <- rnorm(50) # 将数据转为数据框并添加列名 data <- as.data.frame(data) colnames(data) <- paste0("X", 1:30) # 计算CV值 ctrl <- trainControl(method="cv", number=5) cv <- train(x=data, y=y, method="lm", trControl=ctrl) # 画出CV error图和Prediction error图 par(mfrow=c(1,2)) plot(cv, main="CV Error Plot") plot(cv$pred, y, main="Prediction Error Plot") # 基于一倍标准差准则给出参数值上限 param_max <- coef1 + sd(coef1) # 打印参数值上限 param_max ``` 修改后的代码中,我们保留了原有的数据生成、模型参数生成和响应变量生成的代码。接着我们将数据转换为数据框,并为每一列添加列名。然后我们使用 `trainControl` 函数指定交叉验证的方法,并用 `train` 函数计算CV值。最后我们使用 `plot` 函数画出CV error图和Prediction error图。在计算参数值上限时,我们将 `1sd` 改为 `sd`,因为 `1sd` 函数不存在。最后,我们打印出参数值上限。

r语言岭回归方差扩大因子法

### R语言中实现岭回归并计算方差扩大因子 在R语言环境中,`glmnet`包提供了强大的工具来实现岭回归。为了确保模型的有效性和稳定性,可以通过调整正则化参数λ来控制过拟合现象的发生[^1]。 对于方差扩大因子(VIF),这是衡量多重共线性的常用指标之一。当数据集中存在高度相关的自变量时,可能会导致回归系数的标准误差增大,从而影响统计推断的结果准确性。因此,在应用岭回归之前或之后评估VIF是非常重要的步骤[^5]。 下面是一个完整的流程展示如何在R语言里使用岭回归,并结合方差扩大因子来进行分析: #### 安装必要的库 ```r install.packages("glmnet") # 如果尚未安装的话 library(glmnet) ``` #### 准备数据集 假设有一个名为`data`的数据框,其中包含了响应变量y和其他解释变量X1,X2... ```r set.seed(123) # 设置随机种子以便结果可重复 n <-1 # 计算特征数(不包括因变量) trainIndex <- sample(seq_len(n), size=floor(.7*n)) # 创建训练索引 trainingData <- data[trainIndex, ] # 提取训练子集 testingData <- data[-trainIndex, ] # 测试子集 ``` #### 构建岭回归模型 这里采用`model.matrix()`函数创建设计矩阵,并指定α=0以启用岭回归模式;同时通过交叉验证选择最佳的lambda值。 ```r xTrain <- model.matrix(y ~ . , trainingData)[,-1] # 排除截距项 yTrain <- as.numeric(trainingData$y) cvfit <- cv.glmnet(xTrain, yTrain, alpha = 0, nfolds = 10) bestLambda <- cvfit$lambda.min ridgeModel <- glmnet(xTrain, yTrain, alpha = 0, lambda = bestLambda) ``` #### 预测与性能评价 基于测试集进行预测,并对比实际值与预测值之间的差异。 ```r xTest <- model.matrix(y ~., testingData)[,-1] predictions <- predict(ridgeModel, newx=xTest) mse <- mean((as.numeric(testingData$y) - predictions)^2) print(paste('Mean Squared Error:', mse)) ``` #### 计算方差膨胀因子(VIF) 由于`car::vif()`无法直接应用于广义线性模型对象上,所以先要建立一个普通的最小二乘OLS模型作为基础,再求解各个自变量对应的VIF值。 ```r ols_model <- lm(y~., data=data.frame(xTrain,y=yTrain)) vifs <- car::vif(ols_model) print(vifs) ``` 上述过程展示了如何利用R语言中的`glmnet`包实施岭回归,并借助于传统OLS方法获取各特征间的多共线程度——即方差膨胀因子[VIF]。
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在运行以下R代码时:library(glmnet) library(ggplot2) # 生成5030的随机数据和30个变量 set.seed(1111) n <- 50 p <- 30 X <- matrix(runif(n * p), n, p) y <- rnorm(n) # 生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- c(rep(1, 3), rep(0, p - 3)) beta2 <- c(rep(0, 10), rep(1, 3), rep(0, p - 13)) beta3 <- c(rep(0, 20), rep(1, 3), rep(0, p - 23)) y1 <- X %*% beta1 + rnorm(n) y2 <- X %*% beta2 + rnorm(n) y3 <- X %*% beta3 + rnorm(n) # 设置交叉验证折数 k <- 10 # 设置不同的lambda值 lambda_seq <- 10^seq(10, -2, length.out = 100) # 执行交叉验证和岭回归,并记录CV error和Prediction error cv_error <- list() pred_error <- list() for (i in 1:3) { # 交叉验证 cvfit <- cv.glmnet(X, switch(i, y1, y2, y3), alpha = 0, lambda = lambda_seq, nfolds = k) cv_error[[i]] <- cvfit$cvm # 岭回归 fit <- glmnet(X, switch(i, y1, y2, y3), alpha = 0, lambda = lambda_seq) pred_error[[i]] <- apply(X, 2, function(x) mean((switch(i, y1, y2, y3) - predict(fit, newx = as.matrix(x)))^2)) } # 绘制图形 par(mfrow = c(3, 2), mar = c(4, 4, 2, 1), oma = c(0, 0, 2, 0)) for (i in 1:3) { # CV error plot(log10(lambda_seq), cv_error[[i]], type = "l", xlab = expression(log[10](lambda)), ylab = "CV error", main = paste0("Model ", i)) abline(v = log10(cvfit$lambda.min), col = "red") # Prediction error plot(log10(lambda_seq), pred_error[[i]], type = "l", xlab = expression(log[10](lambda)), ylab = "Prediction error", main = paste0("Model ", i)) abline(v = log10(lambda_seq[which.min(pred_error[[i]])]), col = "red") }。发生了以下错误:Error in h(simpleError(msg, call)) : 在为'mean'函数选择方法时评估'x'参数出了错: The number of variables in newx must be 30 。请对原代码进行修正

在运行以下R代码时:library(glmnet) library(ggplot2) # 生成5030的随机数据和30个变量 set.seed(1111) n <- 50 p <- 30 X <- matrix(runif(n * p), n, p) y <- rnorm(n) # 生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- c(rep(1, 3), rep(0, p - 3)) beta2 <- c(rep(0, 10), rep(1, 3), rep(0, p - 13)) beta3 <- c(rep(0, 20), rep(1, 3), rep(0, p - 23)) y1 <- X %% beta1 + rnorm(n) y2 <- X %% beta2 + rnorm(n) y3 <- X %*% beta3 + rnorm(n) # 设置交叉验证折数 k <- 10 # 设置不同的lambda值 lambda_seq <- 10^seq(10, -2, length.out = 100) # 执行交叉验证和岭回归,并记录CV error和Prediction error cv_error <- list() pred_error <- list() for (i in 1:3) { # 交叉验证 cvfit <- cv.glmnet(X, switch(i, y1, y2, y3), alpha = 0, lambda = lambda_seq, nfolds = k) cv_error[[i]] <- cvfit$cvm # 岭回归 fit <- glmnet(X, switch(i, y1, y2, y3), alpha = 0, lambda = lambda_seq) pred_error[[i]] <- apply(X, 2, function(x) { x_mat <- matrix(x, nrow = n, ncol = p, byrow = TRUE) mean((switch(i, y1, y2, y3) - predict(fit, newx = x_mat))^2) }) } # 绘制图形 par(mfrow = c(3, 2), mar = c(4, 4, 2, 1), oma = c(0, 0, 2, 0)) for (i in 1:3) { # CV error plot(log10(lambda_seq), cv_error[[i]], type = "l", xlab = expression(log10), ylab = "CV error", main = paste0("Model ", i)) abline(v = log10(cvfit$lambda.min), col = "red") # Prediction error plot(log10(lambda_seq), pred_error[[i]], type = "l", xlab = expression(log10), ylab = "Prediction error", main = paste0("Model ", i)) abline(v = log10(lambda_seq[which.min(pred_error[[i]])]), col = "red") }。出现了以下问题:Error in h(simpleError(msg, call)) : 在为'mean'函数选择方法时评估'x'参数出了错: non-conformable arrays 。请对原代码进行修正

基于以下R代码:library(glmnet) library(ggplot2) # 生成5030的随机数据和30个变量 set.seed(1111) n <- 50 p <- 30 X <- matrix(runif(n * p), n, p) y <- rnorm(n) # 生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- c(rep(1, 3), rep(0, p - 3)) beta2 <- c(rep(0, 10), rep(1, 3), rep(0, p - 13)) beta3 <- c(rep(0, 20), rep(1, 3), rep(0, p - 23)) y1 <- X %% beta1 + rnorm(n) y2 <- X %% beta2 + rnorm(n) y3 <- X %% beta3 + rnorm(n) # 设置交叉验证折数 k <- 10 # 设置不同的lambda值 lambda_seq <- 10^seq(10, -2, length.out = 100) # 执行交叉验证和岭回归,并记录CV error和Prediction error cv_error <- list() pred_error <- list() for (i in 1:3) { # 交叉验证 cvfit <- cv.glmnet(X, switch(i, y1, y2, y3), alpha = 0, lambda = lambda_seq, nfolds = k) cv_error[[i]] <- cvfit$cvm # 岭回归 fit <- glmnet(X, switch(i, y1, y2, y3), alpha = 0, lambda = lambda_seq) pred_error[[i]] <- apply(X, 2, function(x) { x_mat <- matrix(x, nrow = n, ncol = p, byrow = TRUE) pred <- predict(fit, newx = x_mat) pred <- t(pred) mean((x_mat %% fit$beta - switch(i, y1, y2, y3))^2) }) } # 绘制图形 par(mfrow = c(3, 2), mar = c(4, 4, 2, 1), oma = c(0, 0, 2, 0)) for (i in 1:3) { # CV error plot cv_plot_data <- cv_error[[i]] plot(log10(lambda_seq), cv_plot_data, type = "l", xlab = expression(lambda), ylab = "CV error", main = paste0("Model ", i)) abline(v = log10(cvfit$lambda.min), col = "red") # Prediction error plot pred_plot_data <- pred_error[[i]] plot(log10(lambda_seq[1:fit$df]), pred_plot_data[1:fit$df], type = "l", xlab = expression(lambda), ylab = "Prediction error", main = paste0("Model ", i)) abline(v = log10(lambda_seq[which.min(pred_plot_data)]), col = "red") },给出以下问题的代码:基于一倍标准差准则给出参数值上限

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