者的Ubuntu 16.04下运行bedpost_

在Ubuntu 16.04版本下运行`bedpost2`，`bedpost2`通常是一个用于估计遗传关联分析（GWAS）中稀有变异的精细结构的软件工具。它是Beagle软件包的一部分，用于处理高通量测序数据中的基因组-wide关联研究数据。

以下是安装和运行`bedpost2`的基本步骤：

1. **安装依赖**：确保已经安装了必要的依赖，如`bcftools`、`samtools`等。你可以使用`apt-get`或`aptitude`命令来安装它们，例如：

   sudo apt-get update
   sudo apt-get install bcftools samtools

2. **下载beagle**：访问https://faculty.washington.edu/browning/beagle 下载最新版的Beagle软件，包括bedpost2。选择适用于Linux的版本，并解压到合适的目录。

3. **配置环境变量**：将`beagle`的bin目录添加到系统的PATH环境变量中，以便于系统识别`bedpost2`命令。

4. **运行bedpost2**：床post2的典型用法需要一个VCF文件作为输入，可以像这样运行：

   bedpost2 -i your_input.vcf -b beagle_file.bgl -p population_file.txt

`-i`选项指定输入的VCF文件，`-b`选项指定Beagle的二进制文件，`-p`选项提供关于群体的样本信息。

5. **查看帮助文档**：如果你对参数不确定，可以运行 `bedpost2 -h` 来获取详细的命令行帮助。