还是存在一致的问题,请再次帮我修改代码
时间: 2024-04-11 18:26:16 浏览: 23
非常抱歉,之前的回答还是有问题。为了确保只将树形结构不一致定义为物种树和基因树不一致,我们可以使用ETE Toolkit中的`compare_topology()`函数来进行比较。
下面是修改后的代码:
```python
from ete3 import Tree
import os
species_tree_file = "/home/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile"
gene_tree_folder = "/home/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
compare_tree_folder = "/home/dengwei/NTF_data/compare_tree"
# 读取物种树
species_tree = Tree(species_tree_file)
# 获取基因树文件列表
gene_tree_files = os.listdir(gene_tree_folder)
# 遍历基因树文件
inconsistent_trees = 0
for gene_tree_file in gene_tree_files:
gene_tree_path = os.path.join(gene_tree_folder, gene_tree_file)
# 读取基因树
gene_tree = Tree(gene_tree_path)
# 比较树形拓扑结构
if species_tree.compare_topology(gene_tree) != 0:
inconsistent_trees += 1
# 将不一致的基因树保存到compare_tree_folder
compare_tree_path = os.path.join(compare_tree_folder, gene_tree_file)
gene_tree.write(outfile=compare_tree_path, format=5)
print("共有{}棵基因树与物种树不一致。".format(inconsistent_trees))
```
在修改后的代码中,我们使用`compare_topology()`函数来比较物种树和基因树的树形拓扑结构,而不考虑支长。只有当树形结构不一致时,我们将基因树视为与物种树不一致。
希望这次的修改能够满足你的需求。如果还有其他问题,请随时提问!
相关推荐
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)