GEO数据库测序差异基因分析

GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公共数据库，用于存储全球范围内的基因表达数据。如果你提到的“测序差异基因分析”是指在GEO数据库上进行的RNA-seq（转录组测序）研究，其目的是找出样本间基因表达水平的变化，通常涉及到以下几个步骤：

1. **数据下载**：从GEO获取感兴趣的实验数据集，比如Series、Experiment或Assay等，根据GSE编号或者其他标识符。

2. **数据预处理**：对原始FASTQ或SRA文件进行质量控制、adapter去除、转录组组装、转码（quantification）等步骤，生成counts矩阵或FPKM/RPKM值。

3. **比对分析**：利用如DESeq2、edgeR或limma等工具，计算每一对样本之间的差异表达基因（Differentially Expressed Genes, DEGs），通常设置一定的统计显著性和 Fold Change阈值。

4. **结果解读**：识别出生物学上有意义的差异表达模式，可能涉及比较疾病组和对照组、不同治疗条件下的响应等。

5. **功能富集和网络分析**：对DEGs进行GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）或其他通路注释，理解它们在生物过程中的作用。

6. **绘图报告**：可视化结果，如 volcano plot、heatmap 或基因模块图，以便于论文撰写和交流。