sampleTree = hclust(dist(datExpr0), method = "single")换成使用k-means方法的代码
时间: 2024-04-17 09:24:57 浏览: 68
要使用k-means方法替代`hclust`函数中的层次聚类方法,你可以`kmeans`函数来执行k-me聚类。以下是将代码修改为使用-means方法的示例:
```R
使用k-means方法进行聚类
k_result <- kmeans(datExpr0, centers = 3) # 这里的centers参数指定了聚类的数量
# 提取聚类结果
cluster_labels <- kmeans_result$cluster
# 构建聚类树
sampleTree <- as.dendrogram(hclust(dist(datExpr0, method = "euclidean"))) # 这里使用欧氏距离作为输入
# 将聚类结果应用到聚类树上
labels <- cutree(sampleTree, k = length(unique(cluster_labels)))
sampleTree <- assignValuesToNodes(sampleTree, labels)
# 查看修改后的聚类树
plot(sampleTree, main = "聚类树")
```
在上述代码中,我们首先使用`kmeans`函数对`datExpr0`数据进行k-means聚类,然后提取聚类结果中的标签。接下来,我们使用欧氏距离计算样本之间的距离,并将其传递给`hclust`函数来构建初始的聚类树。最后,我们使用`cutree`函数将k-means的聚类结果应用到聚类树上,并使用`assignValuesToNodes`函数将标签分配给每个节点。最后,我们使用`plot`函数来可视化修改后的聚类树。
请注意,这只是使用k-means方法替代了层次聚类方法的一个示例。你可以根据需要进行进一步的修改和调整,以适应你的数据和分析目的。
阅读全文