如何用python脚本将基因注释文件导入sql,表头包括GENE_ID、GO、IPR、KEGG、Swissprot、NR
时间: 2023-07-10 22:26:59 浏览: 64
您可以使用Python中的pandas和MySQLdb库来将基因注释文件导入到SQL数据库中。以下是一个示例代码:
```python
import pandas as pd
import MySQLdb
# 读取基因注释文件
gene_annotation = pd.read_csv('gene_annotation.csv')
# 连接到MySQL数据库
db = MySQLdb.connect(host="localhost", user="username", passwd="password", db="database_name")
cursor = db.cursor()
# 创建基因注释表格
cursor.execute("CREATE TABLE gene_annotation (GENE_ID VARCHAR(255) NOT NULL, GO VARCHAR(255), IPR VARCHAR(255), KEGG VARCHAR(255), Swissprot VARCHAR(255), NR VARCHAR(255), PRIMARY KEY (GENE_ID))")
# 将基因注释数据插入到表格中
for index, row in gene_annotation.iterrows():
cursor.execute("INSERT INTO gene_annotation (GENE_ID, GO, IPR, KEGG, Swissprot, NR) VALUES (%s, %s, %s, %s, %s, %s)", (row['GENE_ID'], row['GO'], row['IPR'], row['KEGG'], row['Swissprot'], row['NR']))
# 提交更改并关闭连接
db.commit()
cursor.close()
db.close()
```
在这个示例代码中,我们假设基因注释文件名为gene_annotation.csv,且在同一目录下。您需要将"localhost"、"username"、"password"、"database_name"替换为您自己的MySQL数据库信息。注意,这个示例代码中使用了pandas的iterrows()方法来逐行读取基因注释文件数据,如果您的文件较大,可能需要使用更高效的读取方法。