药物相互作用预测python代码
时间: 2023-07-23 10:38:09 浏览: 152
基于知识图谱和推荐系统的药物靶标相互作用预测python源码(含操作说明).zip
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药物相互作用预测的Python代码可以有很多不同的实现方式,这里提供一种简单的基于Scikit-learn库的实现方式。具体步骤如下:
1. 准备数据:从公开数据库中获取药物化合物的结构信息和相互作用信息,并将其转化为模型所需的特征矩阵和标签向量。
2. 划分数据集:将数据集划分为训练集和测试集,以便评估模型的性能。
3. 训练模型:使用Scikit-learn库中的分类算法(如逻辑回归、朴素贝叶斯、支持向量机等)训练药物相互作用预测模型。
4. 评估模型:使用测试集评估模型的性能,计算准确率、召回率、F1值等指标。
以下是一个简单的药物相互作用预测的Python代码示例:
```python
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
from sklearn.metrics import accuracy_score, precision_score, recall_score, f1_score
# 准备数据
X, y = prepare_data() # 自行实现,将化合物结构信息转为特征矩阵X,将相互作用信息转为标签向量y
# 划分数据集
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)
# 训练模型
model = LogisticRegression()
model.fit(X_train, y_train)
# 评估模型
y_pred = model.predict(X_test)
accuracy = accuracy_score(y_test, y_pred)
precision = precision_score(y_test, y_pred)
recall = recall_score(y_test, y_pred)
f1 = f1_score(y_test, y_pred)
print("Accuracy: {:.2f}, Precision: {:.2f}, Recall: {:.2f}, F1: {:.2f}".format(accuracy, precision, recall, f1))
```
需要注意的是,以上代码仅供参考,具体实现方式可能因数据集和模型选择而异。
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