问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

时间: 2024-03-31 22:35:01 浏览: 65
问题2: 首先,根据问题1选择不超过20个分子描述符变量,可以使用特征选择方法,比如LASSO、随机森林等方法,选择对ERα生物活性影响最大的分子描述符。然后,使用这些分子描述符构建回归模型,比如支持向量回归(SVR)、随机森林回归等方法。在建模过程中,需要对数据进行预处理,比如归一化、标准化等。为了避免过拟合,可以使用交叉验证方法进行模型评估和调参。 对于测试数据,先预处理数据,然后使用构建的预测模型对其进行预测,得到IC50值和对应的pIC50值,最后将结果填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3: 选择Caco-2和hERG作为分类指标。首先,根据分子描述符数据集“Molecular_Descriptor.xlsx”,提取Caco-2、hERG对应的分子描述符特征。然后,使用分类模型,比如支持向量机(SVM)、决策树等方法,对数据进行建模。在建模过程中,同样需要进行数据预处理和模型评估、调参。 对于测试数据,先预处理数据,然后使用构建的分类模型对其进行预测,得到相应的分类结果,最后将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、hERG列。 问题4: 这是一个比较复杂的问题,需要综合考虑ERα生物活性和ADMET性质的多个因素。一般来说,化合物的分子大小、极性、电荷分布、亲水性等因素都会对其生物活性和ADMET性质产生影响。同时,不同的化合物可能对不同的指标有不同的影响。 因此,在寻找化合物的优良分子描述符时,需要进行综合分析和筛选,可以使用特征选择方法或者机器学习方法进行探索。同时,需要进行实验验证和结合现有文献进行分析,以得到更加可靠的结论。 总之,化合物的优良分子描述符是一个复杂的问题,需要综合考虑多个因素,同时也需要不断探索和验证。
阅读全文

相关推荐

python问题1. 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。 问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

最新推荐

recommend-type

tensorflow 2.0模式下训练的模型转成 tf1.x 版本的pb模型实例

在TensorFlow 2.0中,模型训练变得更加方便和高效,但有时为了兼容旧系统或者利用TensorFlow 1.x的一些特性,我们需要将2.0版本训练的模型转换为1.x版本的.pb模型。这里我们将详细讲解如何实现这个过程,特别关注在...
recommend-type

MySQL启动报错问题InnoDB:Unable to lock/ibdata1 error

【MySQL启动报错问题InnoDB:Unable to lock/ibdata1 error】是一个常见的MySQL服务器启动时遇到的问题。这个问题通常表明MySQL的InnoDB存储引擎无法获取对`ibdata1`文件的锁,`ibdata1`是InnoDB用来存储数据和系统表...
recommend-type

win7下 python3.6 安装opencv 和 opencv-contrib-python解决 cv2.xfeatures2d.SIFT_create() 的问题

在Windows 7环境下,使用Python 3.6开发计算机视觉应用时,可能会遇到无法创建SIFT(Scale-Invariant Feature Transform)特征检测器的问题,即`cv2.xfeatures2d.SIFT_create()`函数调用失败。这通常是由于OpenCV库...
recommend-type

解决Windows下bat文件不能直接运行问题.docx

"解决Windows下bat文件不能直接运行问题" 在Windows操作系统中,bat文件是一种批处理文件,用于自动执行一系列命令。然而,在某些情况下,bat文件可能不能直接运行,打开变成记事本方式的。这是因为Windows系统中...
recommend-type

window与linux项目部署之linux文件路径不存在问题

在软件开发过程中,尤其是在跨平台的项目部署中,经常遇到的一个问题就是在Windows和Linux系统之间,文件路径处理的不同导致的问题。本文主要讨论的是在Window与Linux项目部署时遇到的“Linux文件路径不存在”的问题...
recommend-type

易语言例程:用易核心支持库打造功能丰富的IE浏览框

资源摘要信息:"易语言-易核心支持库实现功能完善的IE浏览框" 易语言是一种简单易学的编程语言,主要面向中文用户。它提供了大量的库和组件,使得开发者能够快速开发各种应用程序。在易语言中,通过调用易核心支持库,可以实现功能完善的IE浏览框。IE浏览框,顾名思义,就是能够在一个应用程序窗口内嵌入一个Internet Explorer浏览器控件,从而实现网页浏览的功能。 易核心支持库是易语言中的一个重要组件,它提供了对IE浏览器核心的调用接口,使得开发者能够在易语言环境下使用IE浏览器的功能。通过这种方式,开发者可以创建一个具有完整功能的IE浏览器实例,它不仅能够显示网页,还能够支持各种浏览器操作,如前进、后退、刷新、停止等,并且还能够响应各种事件,如页面加载完成、链接点击等。 在易语言中实现IE浏览框,通常需要以下几个步骤: 1. 引入易核心支持库:首先需要在易语言的开发环境中引入易核心支持库,这样才能在程序中使用库提供的功能。 2. 创建浏览器控件:使用易核心支持库提供的API,创建一个浏览器控件实例。在这个过程中,可以设置控件的初始大小、位置等属性。 3. 加载网页:将浏览器控件与一个网页地址关联起来,即可在控件中加载显示网页内容。 4. 控制浏览器行为:通过易核心支持库提供的接口,可以控制浏览器的行为,如前进、后退、刷新页面等。同时,也可以响应浏览器事件,实现自定义的交互逻辑。 5. 调试和优化:在开发完成后,需要对IE浏览框进行调试,确保其在不同的操作和网页内容下均能够正常工作。对于性能和兼容性的问题需要进行相应的优化处理。 易语言的易核心支持库使得在易语言环境下实现IE浏览框变得非常方便,它极大地降低了开发难度,并且提高了开发效率。由于易语言的易用性,即使是初学者也能够在短时间内学会如何创建和操作IE浏览框,实现网页浏览的功能。 需要注意的是,由于IE浏览器已经逐渐被微软边缘浏览器(Microsoft Edge)所替代,使用IE核心的技术未来可能面临兼容性和安全性的挑战。因此,在实际开发中,开发者应考虑到这一点,并根据需求选择合适的浏览器控件实现技术。 此外,易语言虽然简化了编程过程,但其在功能上可能不如主流的编程语言(如C++, Java等)强大,且社区和技术支持相比其他语言可能较为有限,这些都是在选择易语言作为开发工具时需要考虑的因素。 文件名列表中的“IE类”可能是指包含实现IE浏览框功能的类库或者示例代码。在易语言中,类库是一组封装好的代码模块,其中包含了各种功能的实现。通过在易语言项目中引用这些类库,开发者可以简化开发过程,快速实现特定功能。而示例代码则为开发者提供了具体的实现参考,帮助理解和学习如何使用易核心支持库来创建IE浏览框。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

STM32F407ZG引脚功能深度剖析:掌握引脚分布与配置的秘密(全面解读)

![STM32F407ZG引脚功能深度剖析:掌握引脚分布与配置的秘密(全面解读)](https://tapit.vn/wp-content/uploads/2019/01/cubemx-peripheral-1024x545.png) # 摘要 本文全面介绍了STM32F407ZG微控制器的引脚特性、功能、配置和应用。首先概述了该芯片的引脚布局,然后详细探讨了标准外设、高级控制以及特殊功能引脚的不同配置和使用方法。在此基础上,文章深入分析了引脚模式配置、高级配置技巧,并提供了实际应用案例,如LED控制和串口通信。在设计方面,阐述了引脚布局策略、多层板设计及高密度引脚应用的解决方案。最后,介绍
recommend-type

给出文档中问题的答案代码

您提到的是需要编写MATLAB代码来实现文档中的实验任务。以下是根据文档内容编写的MATLAB代码示例: ```matlab % 上机2 实验代码 % 读取输入图像 inputImage = imread('your_face_image.jpg'); % 替换为您的图像文件路径 if size(inputImage, 1) < 1024 || size(inputImage, 2) < 1024 error('图像尺寸必须大于1024x1024'); end % 将彩色图像转换为灰度图像 grayImage = rgb2gray(inputImage); % 调整图像大小为5
recommend-type

Docker构建与运行Next.js应用的指南

资源摘要信息:"rivoltafilippo-next-main" 在探讨“rivoltafilippo-next-main”这一资源时,首先要从标题“rivoltafilippo-next”入手。这个标题可能是某一项目、代码库或应用的命名,结合描述中提到的Docker构建和运行命令,我们可以推断这是一个基于Docker的Node.js应用,特别是使用了Next.js框架的项目。Next.js是一个流行的React框架,用于服务器端渲染和静态网站生成。 描述部分提供了构建和运行基于Docker的Next.js应用的具体命令: 1. `docker build`命令用于创建一个新的Docker镜像。在构建镜像的过程中,开发者可以定义Dockerfile文件,该文件是一个文本文件,包含了创建Docker镜像所需的指令集。通过使用`-t`参数,用户可以为生成的镜像指定一个标签,这里的标签是`my-next-js-app`,意味着构建的镜像将被标记为`my-next-js-app`,方便后续的识别和引用。 2. `docker run`命令则用于运行一个Docker容器,即基于镜像启动一个实例。在这个命令中,`-p 3000:3000`参数指示Docker将容器内的3000端口映射到宿主机的3000端口,这样做通常是为了让宿主机能够访问容器内运行的应用。`my-next-js-app`是容器运行时使用的镜像名称,这个名称应该与构建时指定的标签一致。 最后,我们注意到资源包含了“TypeScript”这一标签,这表明项目可能使用了TypeScript语言。TypeScript是JavaScript的一个超集,它添加了静态类型定义的特性,能够帮助开发者更容易地维护和扩展代码,尤其是在大型项目中。 结合资源名称“rivoltafilippo-next-main”,我们可以推测这是项目的主目录或主仓库。通常情况下,开发者会将项目的源代码、配置文件、构建脚本等放在一个主要的目录中,这个目录通常命名为“main”或“src”等,以便于管理和维护。 综上所述,我们可以总结出以下几个重要的知识点: - Docker容器和镜像的概念以及它们之间的关系:Docker镜像是静态的只读模板,而Docker容器是从镜像实例化的动态运行环境。 - `docker build`命令的使用方法和作用:这个命令用于创建新的Docker镜像,通常需要一个Dockerfile来指定构建的指令和环境。 - `docker run`命令的使用方法和作用:该命令用于根据镜像启动一个或多个容器实例,并可指定端口映射等运行参数。 - Next.js框架的特点:Next.js是一个支持服务器端渲染和静态网站生成的React框架,适合构建现代的Web应用。 - TypeScript的作用和优势:TypeScript是JavaScript的一个超集,它提供了静态类型检查等特性,有助于提高代码质量和可维护性。 - 项目资源命名习惯:通常项目会有一个主目录,用来存放项目的源代码和核心配置文件,以便于项目的版本控制和团队协作。 以上内容基于给定的信息进行了深入的分析,为理解该项目的构建、运行方式以及技术栈提供了基础。在实际开发中,开发者应当参考更详细的文档和指南,以更高效地管理和部署基于Docker和TypeScript的Next.js项目。