问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。
时间: 2024-03-31 22:35:01 浏览: 65
问题2:
首先,根据问题1选择不超过20个分子描述符变量,可以使用特征选择方法,比如LASSO、随机森林等方法,选择对ERα生物活性影响最大的分子描述符。然后,使用这些分子描述符构建回归模型,比如支持向量回归(SVR)、随机森林回归等方法。在建模过程中,需要对数据进行预处理,比如归一化、标准化等。为了避免过拟合,可以使用交叉验证方法进行模型评估和调参。
对于测试数据,先预处理数据,然后使用构建的预测模型对其进行预测,得到IC50值和对应的pIC50值,最后将结果填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。
问题3:
选择Caco-2和hERG作为分类指标。首先,根据分子描述符数据集“Molecular_Descriptor.xlsx”,提取Caco-2、hERG对应的分子描述符特征。然后,使用分类模型,比如支持向量机(SVM)、决策树等方法,对数据进行建模。在建模过程中,同样需要进行数据预处理和模型评估、调参。
对于测试数据,先预处理数据,然后使用构建的分类模型对其进行预测,得到相应的分类结果,最后将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、hERG列。
问题4:
这是一个比较复杂的问题,需要综合考虑ERα生物活性和ADMET性质的多个因素。一般来说,化合物的分子大小、极性、电荷分布、亲水性等因素都会对其生物活性和ADMET性质产生影响。同时,不同的化合物可能对不同的指标有不同的影响。
因此,在寻找化合物的优良分子描述符时,需要进行综合分析和筛选,可以使用特征选择方法或者机器学习方法进行探索。同时,需要进行实验验证和结合现有文献进行分析,以得到更加可靠的结论。
总之,化合物的优良分子描述符是一个复杂的问题,需要综合考虑多个因素,同时也需要不断探索和验证。
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