python 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性
时间: 2024-03-20 14:40:37 浏览: 69
在Python中,首先需要使用pandas库读取数据文件,然后进行数据预处理和特征工程,最后使用特定的算法对特征进行排序。
以下是具体的代码实现步骤:
```python
import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor
# 读取数据文件
df_mol = pd.read_excel('Molecular_Descriptor.xlsx', sheet_name='training')
df_er = pd.read_excel('ERα_activity.xlsx', sheet_name='training')
# 合并数据
df = pd.merge(df_mol, df_er, on='Molecule')
# 数据预处理
df = df.drop(columns=['Molecule'])
df = df.dropna()
# 特征工程
X = df.iloc[:, :-1]
y = df.iloc[:, -1]
# 使用随机森林算法对特征进行排序
rf = RandomForestRegressor(n_estimators=100, random_state=42)
rf.fit(X, y)
importances = rf.feature_importances_
indices = np.argsort(importances)[::-1]
# 输出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符
print("Top 20 molecular descriptors:")
for f in range(20):
print("%d. %s (%f)" % (f + 1, X.columns[indices[f]], importances[indices[f]]))
```
代码执行过程中,首先使用pandas库读取数据文件,并将两个数据表进行合并。然后进行数据预处理,删除无效数据。接着进行特征工程,将分子描述符作为特征,生物活性作为标签。最后使用随机森林算法对特征进行排序,输出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符。
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