GTDBTK注释结果怎么看
时间: 2024-06-13 11:09:46 浏览: 148
GTDBTK是一个用于对细菌和古细菌基因组进行分类和注释的工具。在使用GTDBTK对基因组进行注释后,可以通过查看输出文件来查看注释结果。其中,最重要的输出文件是taxonomy.tsv,该文件包含了每个基因组的分类信息。该文件中的每一行都对应于一个基因组,其中第一列是基因组的ID,第二列是基因组的分类,从域到菌株的顺序排列。例如,以下是taxonomy.tsv文件的一部分:
```
GCA_000005825.2 Bacteria(p);Proteobacteria(c);Gammaproteobacteria(o);Enterobacterales(f);Enterobacteriaceae(g);Escherichia(s);Escherichia_coli
GCA_000006175.1 Bacteria(p);Proteobacteria(c);Gammaproteobacteria(o);Enterobacterales(f);Enterobacteriaceae(g);Escherichia(s);Escherichia_coli
GCA_000006605.1 Bacteria(p);Proteobacteria(c);Gammaproteobacteria(o);Enterobacterales(f);Enterobacteriaceae(g);Escherichia(s);Escherichia_coli
GCA_000006685.1 Bacteria(p);Proteobacteria(c);Gammaproteobacteria(o);Enterobacterales(f);Enterobacteriaceae(g);Escherichia(s);Escherichia_coli
```
其中,第一列是基因组的ID,第二列是基因组的分类,从域到菌株的顺序排列。例如,基因组GCA_000005825.2被分类为细菌域(p),变形菌门(c),γ-变形菌纲(o),肠杆菌目(f),肠杆菌科(g),大肠杆菌属(s)和大肠杆菌种(Escherichia_coli)。
此外,GTDBTK还会生成其他输出文件,例如FASTA文件和树文件,可以用于后续的分析和可视化。