hmmer的结果怎么看

HMMER 的结果主要包括两个部分：比对的输出和注释的输出。

比对的输出包括每个查询序列与目标数据库中序列的比对得分、E 值、比对长度等信息。通常比对得分越高，E 值越小，比对的可靠性就越高。

注释的输出包括查询序列中可能存在的域和家族信息，以及该信息的具体解释和注释。这些信息可以帮助研究人员更深入地了解序列的功能和进化历史。

在 HMMER 的结果中，通常比对得分和 E 值是比较关键的指标，可以通过这些指标来判断比对的可靠性和相关性。同时，注释信息也可以提供很多有价值的信息，帮助研究人员更好地理解序列的生物学意义。

相关问题

hmmer都能输出什么结果

HMMER是用于执行隐马尔可夫模型(HMMs)的软件包，用于在生物序列中搜索蛋白质家族和域。

HMMER可以输出许多不同类型的结果，其中一些包括：

1. 序列匹配结果：这些结果显示输入序列与数据库中存储的HMM模型的匹配情况。

2. 域注释：这些结果显示输入序列中可能存在的域，以及它们与数据库中存储的域的匹配情况。

3. E值和分数：这些结果提供匹配的质量评估，例如E值和分数。

4. 多序列比对：HMMER还可以生成多序列比对结果，以显示输入序列与数据库中存储的多个序列的相对位置。

5. 比对文件：HMMER可以生成输出文件，其中包含比对结果的详细信息，例如每个匹配的位置、分数等。

hmmer的输出结果有什么格式

HMMER 的输出结果主要有三种格式：

1. Stockholm format：这是 HMMER 输出结果的默认格式。它包含了多序列比对的信息，每行表示一个序列的信息，以及该序列在比对中的位置和匹配的 HMM 模型信息。

2. Pfam format：这种格式与 Stockholm format 类似，但是它会额外包含一些 Pfam 数据库的注释信息，如序列的名称、功能等。

3. Table format：这种格式更加简洁，以表格的形式呈现 HMMER 比对结果，每一列表示一个序列的信息，如序列的名称、得分、E值、覆盖率等。

这些输出格式都可以通过 HMMER 的命令行参数进行选择和控制。通常情况下，Stockholm format 是最常用的输出格式，因为它包含了丰富的比对信息，并支持多序列比对的可视化。