hmmer输出的结果怎么看 理想的结果是什么样的

HMMER输出的结果包含多个部分，其中最重要的是比对得分和E-value。比对得分越高，说明序列与模型的匹配度越好；E-value越小，说明序列与模型匹配的可能性越大。

理想的结果应该是比对得分高、E-value低，同时覆盖目标序列的区域较完整。此外，输出的结果还应该包含比对得分、E-value等信息以及序列的注释信息，方便用户进一步分析结果。

相关问题

hmmer的输出结果有什么格式

HMMER 的输出结果主要有三种格式：

1. Stockholm format：这是 HMMER 输出结果的默认格式。它包含了多序列比对的信息，每行表示一个序列的信息，以及该序列在比对中的位置和匹配的 HMM 模型信息。

2. Pfam format：这种格式与 Stockholm format 类似，但是它会额外包含一些 Pfam 数据库的注释信息，如序列的名称、功能等。

3. Table format：这种格式更加简洁，以表格的形式呈现 HMMER 比对结果，每一列表示一个序列的信息，如序列的名称、得分、E值、覆盖率等。

这些输出格式都可以通过 HMMER 的命令行参数进行选择和控制。通常情况下，Stockholm format 是最常用的输出格式，因为它包含了丰富的比对信息，并支持多序列比对的可视化。

hmmer都能输出什么结果

HMMER是用于执行隐马尔可夫模型(HMMs)的软件包，用于在生物序列中搜索蛋白质家族和域。

HMMER可以输出许多不同类型的结果，其中一些包括：

1. 序列匹配结果：这些结果显示输入序列与数据库中存储的HMM模型的匹配情况。

2. 域注释：这些结果显示输入序列中可能存在的域，以及它们与数据库中存储的域的匹配情况。

3. E值和分数：这些结果提供匹配的质量评估，例如E值和分数。

4. 多序列比对：HMMER还可以生成多序列比对结果，以显示输入序列与数据库中存储的多个序列的相对位置。

5. 比对文件：HMMER可以生成输出文件，其中包含比对结果的详细信息，例如每个匹配的位置、分数等。