bedtools groupby

bedtools groupby命令可以将输入文件按照指定列进行分组，并对每个组进行聚合操作。它的基本语法如下：

bedtools groupby -i <input> -g <group_cols> [-c <collapse_cols> -o <operation>]

其中，`-i`参数指定输入文件，`-g`参数指定分组的列，`-c`参数指定需要聚合的列，`-o`参数指定聚合操作。默认情况下，`-c`参数指定的列将被合并为一个逗号分隔的列表，`-o`参数默认为`collapse`。例如，假设有一个输入文件`input.bed`，内容如下：

chr1    100     200     A       1
chr1    200     300     B       2
chr2    100     200     C       3
chr2    200     300     D       4

如果我们想按照第1列和第4列进行分组，并对第5列进行求和操作，可以使用以下命令：

bedtools groupby -i input.bed -g 1,4 -c 5 -o sum

输出结果如下：

chr1    A       1
chr1    B       2
chr2    C       3
chr2    D       4

这里的结果表示，按照第1列和第4列进行分组后，第5列的值被求和了。