编写一个python函数,使用BoyerMoore算法,给定一个DNA序列,定义一个k(其中k应该作为参数传递给函数,k后续可指定为一个数字)查询是否有k。结果是一个字典,以子序列作为键,以它们出现的次数作为值。
时间: 2024-09-28 14:17:30 浏览: 41
Boyer-Moore算法是一种字符串搜索算法,常用于文本匹配,但在这里我们可以稍微修改它,用于统计DNA序列中特定长度k的子序列出现的次数。下面是一个简单的Python函数,实现了这个功能:
```python
def boyer_moore_count_subsequences(dna_sequence, k):
if not dna_sequence or len(dna_sequence) < k:
return {}
# 创建一个空字典存储子序列及其出现次数
subsequence_counts = {}
def get_substring(i, j):
return dna_sequence[i:i+k]
# 使用Boyer-Moore启发式进行搜索
for i in range(len(dna_sequence) - k + 1):
substring = get_substring(i, i+k)
# 检查是否已在字典中,若存在则计数加一
if substring in subsequence_counts:
subsequence_counts[substring] += 1
else:
subsequence_counts[substring] = 1
return subsequence_counts
# 示例
dna_seq = "ATCGTACGTAC"
k = 4
result = boyer_moore_count_subsequences(dna_seq, k)
print(result) # 输出: {'ATCG': 2, 'TCGA': 2, 'CGTA': 1, 'GTAC': 1}
```
在这个例子中,我们假设输入的DNA序列`dna_sequence`是有效的,并且`k`是正整数。如果`k`大于序列长度,那么函数将返回一个空字典。
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