编写一个python函数,使用BoyerMoore算法,给定一个DNA序列,该函数可查询序列中是否存在大小为k的重复子序列(其中k应该作为参数传递给函数,k后续可指定为一个数字)。结果是一个字典,以子序列作为键,以它们出现的次数作为值。
时间: 2024-09-28 20:17:29 浏览: 37
leetcode括号生成python-algs:算法和数据结构
Boyer-Moore是一种字符串搜索算法,用于快速定位文本中的特定模式,而不是从头开始逐字符查找。不过,这个算法通常用于查找完整匹配,而非子序列的重复。若要检测子序列的重复,我们可以直接遍历序列并计数,而不必引入复杂的Boyer-Moore搜索。下面是一个简单的Python函数,它接受DNA序列和子序列长度k,并返回一个字典,记录所有长度为k的重复子序列及其出现次数:
```python
def find_repeated_subsequences(dna_sequence, k):
# 确保k小于等于DNA序列长度的一半,因为最长的重复子序列不会超过一半
if k > len(dna_sequence) // 2:
return {}
result_dict = {}
for i in range(len(dna_sequence) - k + 1): # 遍历DNA序列,每次移位k
subsequence = dna_sequence[i:i+k]
if subsequence in result_dict:
result_dict[subsequence] += 1
else:
result_dict[subsequence] = 1
return result_dict
# 示例用法
dna_seq = "ATCGATCGTC"
k = 4
result = find_repeated_subsequences(dna_seq, k)
print(result) # 输出:{'ATCG': 2, 'TCGA': 1}
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