pycharm pca

时间: 2023-11-03 10:02:46 浏览: 53
PCA(Principal Component Analysis,主成分分析)是一种常用的降维技术,可以通过线性变换将高维的数据转换为低维表示,同时保留原始数据中的主要特征。在PyCharm中,可以使用scikit-learn(sklearn)库来实现PCA。 首先,需要安装scikit-learn库。可以使用PyCharm中的包管理工具pip来安装,命令为:`pip install -U scikit-learn`。 安装完成后,可以在PyCharm中引入PCA模块:`from sklearn.decomposition import PCA`。 然后,需要准备用于降维的数据。可以使用NumPy库来创建一个二维数组,表示原始数据矩阵。假设原始数据有n个样本,每个样本有m个特征,那么可通过`data = np.random.rand(n,m)`来生成一个n行m列的随机数矩阵。 接下来,需要创建PCA对象,并指定需要降维的维度。例如,使用`pca = PCA(n_components=k)`来创建一个PCA对象,其中k为指定的维度。 然后,可以用原始数据拟合PCA模型,即将原始数据进行降维转换。使用`pca.fit(data)`可以对数据进行降维拟合。 最后,可以通过`new_data = pca.transform(data)`来实际进行数据降维转换。将原始数据矩阵data输入transform函数,得到一个新的降维后的数据矩阵new_data。 使用新的降维后的数据new_data,可以进行后续的数据分析、可视化等任务。 综上所述,通过以上步骤,在PyCharm中可以使用PCA来进行数据降维操作。

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在下面代码中添加一个可视化图,用来画出r经过t_sne之后前15行数据的图 import pandas as pd from sklearn import cluster from sklearn import metrics import matplotlib.pyplot as plt from sklearn.manifold import TSNE from sklearn.decomposition import PCA def k_means(data_set, output_file, png_file, png_file1, t_labels, score_file, set_name): model = cluster.KMeans(n_clusters=7, max_iter=1000, init="k-means++") model.fit(data_set) # print(list(model.labels_)) p_labels = list(model.labels_) r = pd.concat([data_set, pd.Series(model.labels_, index=data_set.index)], axis=1) r.columns = list(data_set.columns) + [u'聚类类别'] print(r) # r.to_excel(output_file) with open(score_file, "a") as sf: sf.write("By k-means, the f-m_score of " + set_name + " is: " + str(metrics.fowlkes_mallows_score(t_labels, p_labels))+"\n") sf.write("By k-means, the rand_score of " + set_name + " is: " + str(metrics.adjusted_rand_score(t_labels, p_labels))+"\n") '''pca = PCA(n_components=2) pca.fit(data_set) pca_result = pca.transform(data_set) t_sne = pd.DataFrame(pca_result, index=data_set.index)''' t_sne = TSNE() t_sne.fit(data_set) t_sne = pd.DataFrame(t_sne.embedding_, index=data_set.index) plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 0] plt.plot(dd[0], dd[1], 'r.') dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 1] plt.plot(dd[0], dd[1], 'go') dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 2] plt.plot(dd[0], dd[1], 'b*') dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 3] plt.plot(dd[0], dd[1], 'o') dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 4] plt.plot(dd[0], dd[1], 'm.') dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 5] plt.plot(dd[0], dd[1], 'co') dd = t_sne[r[u'聚类类别'] == 6] plt.plot(dd[0], dd[1], 'y*') plt.savefig(png_file) '''plt.scatter(data_set.iloc[:, 0], data_set.iloc[:, 1], c=model.labels_) plt.savefig(png_file) plt.clf()''' frog_data = pd.read_csv("D:/PyCharmPython/pythonProject/mfcc3.csv") tLabel = [] for family in frog_data['name']: if family == "A": tLabel.append(0) elif family == "B": tLabel.append(1) elif family == "C": tLabel.append(2) elif family == "D": tLabel.append(3) elif family == "E": tLabel.append(4) elif family == "F": tLabel.append(5) elif family == "G": tLabel.append(6) scoreFile = "D:/PyCharmPython/pythonProject/scoreOfClustering.txt" first_set = frog_data.iloc[:, 1:1327] k_means(first_set, "D:/PyCharmPython/pythonProject/kMeansSet_1.xlsx", "D:/PyCharmPython/pythonProject/kMeansSet_2.png", "D:/PyCharmPython/pythonProject/kMeansSet_2_1.png", tLabel, scoreFile, "Set_1")

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