--initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.

这个错误提示意味着在指定的 MySQL 数据目录中已经存在文件，但是你又尝试使用 `--initialize` 选项初始化 MySQL 数据库，这会导致数据目录中的文件被覆盖或删除，因此 MySQL 不允许这种操作。解决方法如下：

1. 将现有的 MySQL 数据目录备份：在执行 `--initialize` 命令之前，先将现有的 MySQL 数据目录备份，以便之后可以恢复数据。

2. 清空现有的 MySQL 数据目录：可以使用以下命令清空 MySQL 数据目录：

   sudo rm -rf /var/lib/mysql/*

这会删除 MySQL 数据目录中的所有文件和子目录。

3. 使用 `--initialize` 选项重新初始化 MySQL 数据库：现在可以使用 `--initialize` 选项重新初始化 MySQL 数据库了，例如：

   sudo mysqld --initialize --datadir=/var/lib/mysql

4. 恢复 MySQL 数据：如果需要恢复之前备份的 MySQL 数据，可以将备份文件复制到 MySQL 数据目录中，并确保 MySQL 用户具有读取和写入备份文件的权限。然后，使用 `mysql` 命令登录 MySQL 数据库，并运行 `source` 命令来恢复备份文件中的数据。例如：

   mysql -u root -p
   Enter password:
   mysql> source /path/to/backup/file.sql;

稍等片刻，备份数据将被还原到 MySQL 数据库中。

注意，重新初始化 MySQL 数据库会删除现有的 MySQL 数据，因此在执行此操作之前，请确保已经备份了重要的数据，并将其存储在其他安全的位置。