python利用ASE提取同一目录下 多个cif结构文件的体积并输出为EXCEL表
时间: 2024-03-15 12:43:24 浏览: 113
python实现读取一个文件夹下所有文件的文件名,保存到excel中
好的,我可以为你提供使用 ASE 库实现该功能的代码。ASE 库是一个 Python 库,可以用于处理材料模拟中的原子结构。我们可以使用 ASE 库来读取 cif 结构文件并计算它们的体积。
以下是使用 ASE 库提取同一目录下多个 cif 结构文件的体积并输出为 Excel 表格的代码:
```python
from ase.io import read
import pandas as pd
import os
directory = '.' # 目录路径
volume_dict = {} # 存储体积的字典
# 遍历目录中的所有 cif 文件
for filename in os.listdir(directory):
if filename.endswith('.cif'):
filepath = os.path.join(directory, filename)
structure = read(filepath)
volume = structure.get_volume() # 获取体积
volume_dict[filename] = volume
# 将数据输出到 Excel 表格
df = pd.DataFrame(volume_dict.items(), columns=['Filename', 'Volume'])
df.to_excel('volumes.xlsx', index=False)
```
这段代码与之前的代码非常相似,只是我们使用了 ASE 库来读取 cif 结构文件并计算体积。ASE 库中的 `read` 函数可以读取多种不同的文件格式,包括 cif 格式。在这里,我们使用 `get_volume()` 方法获取结构体积。
你可以根据需要修改目录路径和输出文件名。
阅读全文