ASE如何批量将同一目录下的cif结构文件转化为POSCAR,并一一对应 python代码以及输出输出参数
时间: 2024-03-07 07:47:54 浏览: 18
可以使用ASE库中的CIF和Atoms类来实现将cif结构文件批量转化为POSCAR文件,并输出一一对应的python代码和输出参数。
下面是一个示例代码,假设cif文件都存放在同一个目录下,文件名以“.cif”结尾,POSCAR文件存放在同一个目录下,文件名以“.vasp”结尾:
```python
from ase.io import read, write
from ase.io.cif import read_cif
import os
cif_dir = "/path/to/cif/directory"
poscar_dir = "/path/to/poscar/directory"
for cif_file in os.listdir(cif_dir):
if cif_file.endswith(".cif"):
# 读取cif文件
atoms = read_cif(os.path.join(cif_dir, cif_file))
# 生成POSCAR文件
write(os.path.join(poscar_dir, cif_file.replace(".cif", ".vasp")), atoms, format="vasp")
# 输出python代码和输出参数
print(f"Structure from {cif_file}:")
print(atoms.get_positions())
print(f"Python code to generate structure:")
print(atoms)
```
这段代码会遍历cif_dir目录下的所有cif文件,将其读取为Atoms对象,再将其转化为POSCAR文件并存储在poscar_dir目录下。同时,代码会输出每个cif文件对应的Atoms对象的坐标和生成该Atoms对象的python代码。