id与第一个碱基被分到一列了 需要分开
时间: 2024-01-29 09:03:56 浏览: 116
你可以将这行代码:
```
output.append([current_id] + [' '.join(current_seq)])
```
修改为:
```
output.append([current_id] + current_seq)
```
然后再添加一行代码:
```
output[-1][1] = ' '.join(output[-1][1].split()[1:])
```
这样就可以将 id 和第一个碱基分开了。具体来说,第一次添加序列信息到输出列表时,序列信息是一个列表,其中的每个元素是形如 "A, T, G, C" 的字符串,我们需要将这些字符串合并成一个字符串,并用空格分隔每个碱基。在添加完成后,我们可以通过 `split()` 函数将这个字符串按空格分割成一个字符串列表,然后将列表的第一个元素删除,最后再将剩余元素重新合并成一个字符串,就可以得到只包含碱基信息的字符串了。
相关问题
第一个碱基和id在一列 需要分开
如果你需要将每个 DNA 序列的 ID 和第一个碱基分开显示,只需要在输出时将它们分别加入到输出列表中即可。以下是修改后的代码:
```
import csv
# 读取FASTA文件
with open('input.fasta', 'r') as f:
lines = f.readlines()
# 初始化变量 output
output = [['id', '1']]
current_id = ''
current_seq = []
# 循环遍历所有行
for line in lines:
# 如果是一个新的序列的id行
if line.startswith('>'):
# 如果之前已经读取了一个序列的id和序列
if current_id != '':
# 将当前的id和序列添加到输出列表中
output.append([current_id, current_seq[0]])
# 重置当前id和序列
current_id = ''
current_seq = []
# 获取新的序列的id
current_id = line.strip()[1:]
# 如果是一个序列行
else:
# 将碱基一个一个地添加到列表中
nucleotides = list(line.strip())
current_seq += nucleotides
# 将最后一个序列添加到输出列表中
output.append([current_id, current_seq[0]])
# 将输出列表写入到csv文件中
with open('output.csv', 'w', newline='') as f:
writer = csv.writer(f, delimiter=',', quoting=csv.QUOTE_NONE)
writer.writerows(output)
```
在输出列表中,我们增加了一列名为 `1` 的列,用于显示每个 DNA 序列的第一个碱基。在循环中,我们将每个 DNA 序列的 ID 和第一个碱基分别添加到输出列表中。在写入 CSV 文件时,输出列表中的每个子列表都会被写入一行。
id与第一个碱基被和到一起了,需要分开
你可以将这行代码:
```
output.append([current_id] + current_seq)
```
修改为:
```
output.append([current_id] + [' '.join(current_seq)])
```
这样在生成的 csv 文件中,每个碱基之间会用一个空格分隔开来,而不是用逗号分隔。
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