###Logistic ##数据集划分 set.seed(1) train_id=sample(1:nrow(data),0.7*nrow(data)) train=data[train_id,] test=data[-train_id,] write.csv(train,file = "train.csv") write.csv(test,file="tset.csv") ###logistics和列线图 anyNA(train) mydata <- train install.packages("rms") library(rms) library(Hmisc) attach(mydata) dd <- datadist(mydata) options(datadist='dd') fit0 <- lrm(outcom~BMI+fus+lym+mon+alt+ast+ldh+ na+crp+aptt+inr+sssj+pzsxj+mmzj+pmzj+xxbbhz +shmmzj ,data=mydata,x=T,y=T)#lasso回归中筛选出的变量 fit0 nom0 <- nomogram(fit0,fun=plogis,fun.at = c(.001,.01,.05,.5, .95, .99,.999), lp=T,funlabel="thrombus rate") plot(nom0) fit1 <- lrm(outcom ~ BMI+lym+fus +aptt+sssj+mmzj, data = mydata,x=T,y=T)#对于不显著的指标予以剔除 fit1 summary(fit1) ##nomogram nom1 <- nomogram(fit1, fun = plogis, fun.at = c(.001, .01, .05, .5, .95, .99, .999), lp = TRUE, funlabel = "thrombus rate") plot(nom1) ###predict预测并做ROC install.packages("rms") library(rms) install.packages("tidyverse") library(tidyverse) anyNA(train) fit1 gd <- predict(fit1, newdata = train, se.fit = FALSE, dispersion = NULL, terms = FALSE, na.action = na.pass) gd2 <- predict(fit1,newdata=test, se.fit=FALSE,dispersion=NULL,terms=NULL, na.action=na.pass)
时间: 2023-12-09 08:02:46 浏览: 152
Logistic.zip_Logistic_chaotic encryption_site:www.pudn.com_加密_混沌
根据您提供的代码,可能存在以下问题:
1. `fus` 变量可能被拼写错误,导致无法识别。建议检查变量名称是否正确。
2. 在 `lrm()` 函数中,`x=T` 和 `y=T` 参数是无效的。如果想要使用公式输入变量,可以使用 `formula` 参数,例如 `formula = outcom ~ .` 表示使用所有变量进行拟合。
3. 在 `predict()` 函数中,`dispersion=NULL` 参数也是无效的。如果需要计算标准误,可以设置 `se.fit = TRUE`。
4. 在 `predict()` 函数中,`terms=NULL` 参数也是无效的。如果需要返回预测的线性预测值,可以设置 `type = "lp"`。
下面是修改过后的代码示例:
```
###Logistic
##数据集划分
set.seed(1)
train_id <- sample(1:nrow(data), 0.7 * nrow(data))
train <- data[train_id,]
test <- data[-train_id,]
write.csv(train, file = "train.csv")
write.csv(test, file = "test.csv")
###logistics和列线图
anyNA(train)
mydata <- train
install.packages("rms")
library(rms)
library(Hmisc)
attach(mydata)
dd <- datadist(mydata)
options(datadist='dd')
fit0 <- lrm(outcom ~ BMI + fus + lym + mon + alt + ast + ldh + na + crp + aptt + sssj + pzsxj + mmzj + pmzj + xxbbhz + shmmzj,
data = mydata) #lasso回归中筛选出的变量 fit0
nom0 <- nomogram(fit0, fun = plogis,
fun.at = c(.001, .01, .05, .5, .95, .99, .999),
lp = TRUE, funlabel = "thrombus rate")
plot(nom0)
fit1 <- lrm(outcom ~ BMI + lym + fus + aptt + sssj + mmzj,
data = mydata) #对于不显著的指标予以剔除
summary(fit1)
##nomogram
nom1 <- nomogram(fit1,
fun = plogis,
fun.at = c(.001, .01, .05, .5, .95, .99, .999),
lp = TRUE,
funlabel = "thrombus rate")
plot(nom1)
###predict预测并做ROC
install.packages("tidyverse")
library(tidyverse)
anyNA(train)
gd <- predict(fit1, newdata = train,
se.fit = TRUE, type = "lp",
na.action = na.pass)
gd2 <- predict(fit1, newdata = test,
se.fit = TRUE, type = "lp",
na.action = na.pass)
roc_obj <- roc(train$outcom, exp(gd)/(1 + exp(gd))) # 计算 ROC 曲线
plot(roc_obj) # 绘制 ROC 曲线
```
请注意,这里的 `gd` 和 `gd2` 变量存储的是线性预测值,需要使用 `exp(gd)/(1 + exp(gd))` 转换为预测的概率值,才能用于计算 ROC 曲线。
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