samtools flagstat out.sorted.bam [12:28下午] 34502 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) 0 + 0 duplicates 30374 + 0 mapped (88.04%:-nan%) 0 + 0 paired in sequencing 0 + 0 read1 0 + 0 read2 0 + 0 properly paired (-nan%:-nan%) 0是什么意思

这是SAMtools中的flagstat命令输出结果，表示对名为out.sorted.bam的文件进行flagstat操作后得到的统计信息。

具体解释为：
- 34502 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads): BAM文件中共有34502条reads（包括QC-passed和QC-failed）。
- 0 + 0 duplicates: BAM文件中没有重复的reads。
- 30374 + 0 mapped (88.04%:-nan%): 共有30374条reads比对到了参考基因组上（mapped），比对率为88.04%。由于没有提供未比对reads的信息，因此无法计算比对率的第二个百分比。
- 0 + 0 paired in sequencing: BAM文件中没有成对的reads。
- 0 + 0 read1: BAM文件中没有read1。
- 0 + 0 read2: BAM文件中没有read2。
- 0 + 0 properly paired (-nan%:-nan%): BAM文件中没有properly paired的reads。由于没有提供未比对reads的信息，因此无法计算百分比。

相关问题

samtools flagstat parv.sorted.bam [ 2:26下午] 30414 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) 0 + 0 duplicates 28338 + 0 mapped (93.17%:-nan%) 0 + 0 paired in sequencing 0 + 0 read1 0 + 0 read2 0 + 0 properly paired (-nan%:-nan%)

这是一个关于samtools flagstat命令输出的结果。这个命令用于统计BAM文件中的序列比对情况。在这个输出结果中，总共有30414个序列被比对，其中没有重复序列。28338个序列被成功比对，比对率为93.17%。另外，在这个BAM文件中没有成对的序列，也没有properly paired序列。

-f INT only include reads with all of the FLAGs in INT present [0]这个是啥

这是samtools view命令中的一个选项，用于根据sam文件中每个read的flag标志来筛选和过滤read。其中，-f INT表示只包含满足所有flag标志中指定的位的reads，其中INT是一个二进制掩码，每一位代表一个flag标志。如果指定的flag标志位都存在于某个read的flag标志中，那么这个read就会被保留下来，否则会被过滤掉。默认情况下，INT的值为0，表示不使用任何flag标志进行过滤。例如，如果我们想只保留flag标志中包含16（read是反向互补的）和4（read没有比对到参考序列上）的reads，那么我们可以使用-f 20选项。