samtools flagstat out.sorted.bam [12:28下午] 34502 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) 0 + 0 duplicates 30374 + 0 mapped (88.04%:-nan%) 0 + 0 paired in sequencing 0 + 0 read1 0 + 0 read2 0 + 0 properly paired (-nan%:-nan%) 0是什么意思

这是SAMtools中的flagstat命令输出结果，表示对名为out.sorted.bam的文件进行flagstat操作后得到的统计信息。

具体解释为：
- 34502 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads): BAM文件中共有34502条reads（包括QC-passed和QC-failed）。
- 0 + 0 duplicates: BAM文件中没有重复的reads。
- 30374 + 0 mapped (88.04%:-nan%): 共有30374条reads比对到了参考基因组上（mapped），比对率为88.04%。由于没有提供未比对reads的信息，因此无法计算比对率的第二个百分比。
- 0 + 0 paired in sequencing: BAM文件中没有成对的reads。
- 0 + 0 read1: BAM文件中没有read1。
- 0 + 0 read2: BAM文件中没有read2。
- 0 + 0 properly paired (-nan%:-nan%): BAM文件中没有properly paired的reads。由于没有提供未比对reads的信息，因此无法计算百分比。