cd-hit设置聚类阈值以及覆盖率

CD-HIT 是一个用于进行序列聚类的工具，它可以根据设定的聚类阈值将相似度高的序列归为同一个聚类。在 CD-HIT 中，聚类阈值通过 `-c` 参数进行设置，例如 `cd-hit -i input.fasta -o output.fasta -c 0.9` 表示将相似度大于等于 0.9 的序列聚为一类。

CD-HIT 还可以通过 `-n` 参数设置覆盖率，它指定两个序列的对齐长度在序列长度较短的那个序列上所占比例的阈值。例如，`cd-hit -i input.fasta -o output.fasta -c 0.9 -n 5` 表示将相似度大于等于 0.9，同时覆盖率大于等于 0.5 的序列聚为一类。

需要注意的是，聚类阈值和覆盖率的选择需要根据具体的数据集和研究目的进行调整，比如，如果数据集中存在高度相似但不同长的序列，可能需要调整聚类阈值和覆盖率的值，以达到最优的聚类效果。