kegg通路富集分析代码

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一种广泛用于生物学研究的数据库系统，特别是对于代谢途径、信号传导等生物网络的研究。进行KEGG通路富集分析通常是通过统计某个基因集合在特定通路中出现的频率，然后对比随机分布，看它们是否显著集中于某些通路。

在Python中，常用的库如`Bioconductor`（针对R语言）或`Python-KOBAS`、`gseapy`等可以完成这一任务。这里举一个简单的例子，使用Python的`gseapy`库：

from gseapy import enrichr

# 假设你有一个基因列表
gene_list = ...

# 创建Enrichr对象并设置参数
enrichr = enrichr.GSEapy()

# 设置KEGG pathways作为富集类别
enrichr.set_dataset(gene_list, gene_sets='kegg_2016')

# 执行富集分析
results = enrichr.enrichr('KEGG_PATHWAY', organism='hsa')  # 'hsa'代表人类

# 输出结果
for key in results.keys():
    print(f'{key}: {results[key]}')