python代码 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。

时间: 2024-03-25 18:35:24 浏览: 13
这里给出一个基于Python的分子描述符筛选过程示例代码,使用了随机森林算法: ```python import pandas as pd from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor # 读取数据 desc_df = pd.read_excel('Molecular_Descriptor.xlsx', index_col=0) act_df = pd.read_excel('ERα_activity.xlsx', index_col=0) # 合并数据 df = pd.concat([desc_df, act_df], axis=1) # 去除缺失值 df = df.dropna() # 提取自变量和因变量 X = df.iloc[:, :-1] y = df.iloc[:, -1] # 利用随机森林算法进行特征选择 rf = RandomForestRegressor() rf.fit(X, y) # 输出特征重要性排序结果 feature_importances = pd.Series(rf.feature_importances_, index=X.columns).sort_values(ascending=False) print(feature_importances.head(20)) ``` 该代码读取了两个数据文件,并将它们合并成一个数据框。然后去除了数据框中的缺失值,并将自变量和因变量分别提取出来。接下来使用随机森林算法对自变量进行特征选择,最后输出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符。 这个过程的合理性在于,随机森林算法可以通过对多个决策树的结果进行平均来减小过拟合的风险。它可以给出每个特征对于因变量的影响程度,从而帮助我们排除对生物活性影响较小的分子描述符。

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python问题1. 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。 问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

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