python代码 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。
时间: 2024-03-25 18:35:24 浏览: 13
这里给出一个基于Python的分子描述符筛选过程示例代码,使用了随机森林算法:
```python
import pandas as pd
from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor
# 读取数据
desc_df = pd.read_excel('Molecular_Descriptor.xlsx', index_col=0)
act_df = pd.read_excel('ERα_activity.xlsx', index_col=0)
# 合并数据
df = pd.concat([desc_df, act_df], axis=1)
# 去除缺失值
df = df.dropna()
# 提取自变量和因变量
X = df.iloc[:, :-1]
y = df.iloc[:, -1]
# 利用随机森林算法进行特征选择
rf = RandomForestRegressor()
rf.fit(X, y)
# 输出特征重要性排序结果
feature_importances = pd.Series(rf.feature_importances_, index=X.columns).sort_values(ascending=False)
print(feature_importances.head(20))
```
该代码读取了两个数据文件,并将它们合并成一个数据框。然后去除了数据框中的缺失值,并将自变量和因变量分别提取出来。接下来使用随机森林算法对自变量进行特征选择,最后输出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符。
这个过程的合理性在于,随机森林算法可以通过对多个决策树的结果进行平均来减小过拟合的风险。它可以给出每个特征对于因变量的影响程度,从而帮助我们排除对生物活性影响较小的分子描述符。