我们发现在TCGA数据库中IFIT3mRNA在HNSC中的表达量最高,PRAD中表达量最低;在Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)数据库中lung表达最高,bone表达最低。我们合并TCGA和GTEx数据库以便进一步分析(使用非配对的Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests进行差异显著性分析)。由于THYM、 MESO、DLBC、UVM中样本量小于3个, IFIT3mRNA表达差异无法统计。除READ、SARC、UCEC外,我们观察到了IFIT3mRNA在18种肿瘤中显著上调,如BLCA、BRCA、CESC、CHOL、COAD、ESCA、GBM、HNSC、KIRC、LGG、LIHC、OV、PAAD、STAD、SKCM、THCA、TGCT、UCS。我们在8种肿瘤中观察到了显著下调如LUAD、LUSC、KIRP、KICH 、PRAD、PCPG 、ACC、LAML。以上文字使用nature杂志的风格翻译成英文
时间: 2023-02-23 22:21:16 浏览: 211
TCGA-LGG-mRNA表达数据——低级别胶质瘤表达及临床数据集整理
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回答:
我们在TCGA数据库中发现IFIT3 mRNA在HNSC(鼻咽癌)中的表达量最高,而在PRAD(前列腺癌)中表达量最低。在Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)数据库中,肺部表达最高,骨骼表达最低。为了进一步分析,我们将TCGA和GTEx数据库合并,并使用非配对的Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests进行差异显著性分析。由于THYM,MESO,DLBC和UVM样本数量小于3个,IFIT3 mRNA表达差异无法统计。除了READ,SARC和UCEC以外,我们发现IFIT3 mRNA在18种肿瘤中显著上调,如BLCA,BRCA,CESC,CHOL,COAD,ESCA,GBM,HNSC,KIRC,LGG,LIHC,OV,PAAD,STAD,SKCM,THCA,TGCT和UCS。我们还观察到IFIT3 mRNA在8种肿瘤中显著下调,如LUAD,LUSC,KIRP,KICH,PRAD,PCPG,ACC和LAML。
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