我们发现在TCGA数据库中IFIT3mRNA在HNSC中的表达量最高,PRAD中表达量最低;在Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)数据库中lung表达最高,bone表达最低。我们合并TCGA和GTEx数据库以便进一步分析(使用非配对的Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests进行差异显著性分析)。由于THYM、 MESO、DLBC、UVM中样本量小于3个, IFIT3mRNA表达差异无法统计。除READ、SARC、UCEC外,我们观察到了IFIT3mRNA在18种肿瘤中显著上调,如BLCA、BRCA、CESC、CHOL、COAD、ESCA、GBM、HNSC、KIRC、LGG、LIHC、OV、PAAD、STAD、SKCM、THCA、TGCT、UCS。我们在8种肿瘤中观察到了显著下调如LUAD、LUSC、KIRP、KICH 、PRAD、PCPG 、ACC、LAML。以上文字使用nature杂志的风格翻译成英文
时间: 2023-02-23 08:21:16 浏览: 78
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我们在TCGA数据库中发现IFIT3 mRNA在HNSC(鼻咽癌)中的表达量最高,而在PRAD(前列腺癌)中表达量最低。在Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)数据库中,肺部表达最高,骨骼表达最低。为了进一步分析,我们将TCGA和GTEx数据库合并,并使用非配对的Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests进行差异显著性分析。由于THYM,MESO,DLBC和UVM样本数量小于3个,IFIT3 mRNA表达差异无法统计。除了READ,SARC和UCEC以外,我们发现IFIT3 mRNA在18种肿瘤中显著上调,如BLCA,BRCA,CESC,CHOL,COAD,ESCA,GBM,HNSC,KIRC,LGG,LIHC,OV,PAAD,STAD,SKCM,THCA,TGCT和UCS。我们还观察到IFIT3 mRNA在8种肿瘤中显著下调,如LUAD,LUSC,KIRP,KICH,PRAD,PCPG,ACC和LAML。
相关问题
怎么在tcga数据库分析癌组织和癌旁组织表达
在TCGA数据库中,要分析癌组织和癌旁组织的基因表达,可以按照以下步骤进行:
1. 访问TCGA数据库的官方网站,选择感兴趣的癌症类型,如乳腺癌或肺癌等。
2. 在数据查询页面搜索并选择该癌症类型对应的数据集,并进入数据下载或分析页面。
3. 选择感兴趣的样本,如癌组织和癌旁组织,确认数据的一致性和准确性。
4. 下载或直接在线分析基因的表达水平,如RNA测序数据。
5. 利用适当的生物信息学工具,如R语言或Python编程软件,进行数据处理和分析,如差异表达分析和基因相关性分析等。
6. 可以使用一些生物信息学的软件,如DESeq2或edgeR,来对比癌组织和癌旁组织的基因表达,并找出差异表达的基因。
7. 结合临床信息,如患者的生存期、临床分期等,对差异表达的基因进行生物信息学的功能富集分析,挖掘其可能的生物学意义。
8. 最后,将分析结果呈现在图表或统计数据中,并进行结果的解读和讨论。
总之,在TCGA数据库中分析癌组织和癌旁组织的基因表达,需要对数据具有较强的处理和分析能力,同时也需要结合生物学知识和临床信息对结果进行解读和讨论。
verbose在TCGA的什么数据库中
"verbose" 不是TCGA数据库中的一个特定术语或数据集。TCGA(The Cancer Genome Atlas)是一个致力于对人类肿瘤进行系统性基因组学研究的项目,由National Cancer Institute和National Human Genome Research Institute联合发起。TCGA数据库包含了大量的肿瘤相关数据,例如基因组、转录组、表观组等多种类型的数据。如果您能提供更具体的问题或上下文信息,我可以帮您更好地回答。