TCGA-BP 、TCGA-CJ、TCGA-CW、TCGA-CZ、TCGA-DV、TCGA-G6编号意思
时间: 2023-07-10 19:07:49 浏览: 75
这些编号是TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目中用于标识不同癌症患者的样本编号。其中,TCGA-BP代表膀胱癌(Bladder Cancer);TCGA-CJ代表乳腺癌(Breast Cancer);TCGA-CW代表子宫内膜癌(Endometrial Cancer);TCGA-CZ代表肾癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma);TCGA-DV代表肝癌(Liver Hepatocellular Carcinoma);TCGA-G6代表神经母细胞瘤(Neuroblastoma)。这些编号通常用于在TCGA数据库中检索和下载与特定癌症相关的遗传数据。
相关问题
TCGA-RNASeq
TCGA-RNASeq是指The Cancer Genome Atlas(TCGA)项目中的RNA测序数据。TCGA是一个由美国国立癌症研究所(NCI)和国立人类基因组研究所(NHGRI)共同发起的大型国际合作项目,旨在通过系统性地分析多种癌症的基因组、转录组、表观组和临床数据,加深对癌症的认识,并为癌症的预防、诊断和治疗提供新的思路和方法。
TCGA-RNASeq是TCGA项目中的一项重要数据资源,它通过高通量测序技术对肿瘤样本中的RNA进行测序,从而获得肿瘤细胞中基因的表达水平信息。这些数据可以帮助研究人员深入了解癌症的发生机制、识别潜在的治疗靶点以及预测患者的生存状况等。
相关问题:
1. TCGA-RNASeq数据有哪些应用?
2. 如何获取TCGA-RNASeq数据?
3. TCGA-RNASeq数据的质量如何保证?
同TCGAbiolinks包从tcga网站下载tcga-ov的信息
以下是使用TCGAbiolinks包从TCGA网站下载TCGA-OV(卵巢癌)项目的信息的代码:
1. 载入TCGAbiolinks包:
```
library(TCGAbiolinks)
```
2. 下载TCGA-OV项目的临床信息:
```
query_clinic <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.type = "Clinical")
GDCdownload(query_clinic)
OV_clinic <- GDCprepare_clinic(query_clinic)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的临床信息,并将其准备用于后续的分析。
3. 下载TCGA-OV项目的基因表达量数据:
```
query_exp <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.category = "Transcriptome Profiling",
data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - FPKM")
GDCdownload(query_exp)
OV_exp <- GDCprepare(query_exp)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的基因表达量数据,该数据集包括HTSeq - FPKM数据类型的转录组数据,并将其准备用于后续的分析。
4. 下载TCGA-OV项目的DNA甲基化数据:
```
query_meth <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.category = "DNA Methylation",
data.type = "Methylation Beta Value")
GDCdownload(query_meth)
OV_meth <- GDCprepare_methylation(query_meth)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的DNA甲基化数据,并将其准备用于后续的分析。
5. 下载TCGA-OV项目的生存信息:
```
query_surv <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.type = "Clinical Supplement",
data.format = "BCR Biotab")
GDCdownload(query_surv)
OV_surv <- GDCprepare_survival(query_surv)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的生存信息,并将其准备用于后续的分析。
希望这些代码可以帮助您使用TCGAbiolinks包从TCGA网站下载TCGA-OV项目的信息。