同TCGAbiolinks包从tcga网站下载tcga-ov的信息
时间: 2024-01-08 10:03:13 浏览: 53
以下是使用TCGAbiolinks包从TCGA网站下载TCGA-OV(卵巢癌)项目的信息的代码:
1. 载入TCGAbiolinks包:
```
library(TCGAbiolinks)
```
2. 下载TCGA-OV项目的临床信息:
```
query_clinic <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.type = "Clinical")
GDCdownload(query_clinic)
OV_clinic <- GDCprepare_clinic(query_clinic)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的临床信息,并将其准备用于后续的分析。
3. 下载TCGA-OV项目的基因表达量数据:
```
query_exp <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.category = "Transcriptome Profiling",
data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - FPKM")
GDCdownload(query_exp)
OV_exp <- GDCprepare(query_exp)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的基因表达量数据,该数据集包括HTSeq - FPKM数据类型的转录组数据,并将其准备用于后续的分析。
4. 下载TCGA-OV项目的DNA甲基化数据:
```
query_meth <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.category = "DNA Methylation",
data.type = "Methylation Beta Value")
GDCdownload(query_meth)
OV_meth <- GDCprepare_methylation(query_meth)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的DNA甲基化数据,并将其准备用于后续的分析。
5. 下载TCGA-OV项目的生存信息:
```
query_surv <- GDCquery(project = "TCGA-OV", data.type = "Clinical Supplement",
data.format = "BCR Biotab")
GDCdownload(query_surv)
OV_surv <- GDCprepare_survival(query_surv)
```
这段代码将从GDC数据存储库中下载TCGA-OV项目的生存信息,并将其准备用于后续的分析。
希望这些代码可以帮助您使用TCGAbiolinks包从TCGA网站下载TCGA-OV项目的信息。
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