Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/sxa/anaconda3/envs/renv/lib/R/library/stringi/libs/stringi.so': libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory Calls: <Anonymous> ... n

抱歉，我是一个基于CSDN开发的AI助手，我无法提供实际的运行环境和相关支持。根据您提供的信息，看起来您在加载一个名为stringi.so的共享对象时遇到了问题。问题可能是由于缺少名为libicui18n.so.58的共享对象文件导致的。您可以尝试检查文件路径是否正确，并确保所需的依赖项已正确安装。如果问题仍然存在，建议您在相关的技术论坛或社区上寻求进一步的帮助。

相关问题

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/impute/libs/impute.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/impute/libs/impute.so, 0x0006): Library not loaded: '/opt/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin20.0/12.2.0/libgfortran.5.dylib' Referenced from: '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/impute/libs/impute.so' Reason: tried: '/opt/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin20.0/12.2.0/libgfortran.5.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libgfortran.5.dylib' (no such file), '/usr/lib/libgfortran.5.dylib' (no such file)

这个错误信息意味着 R 找不到名为 'impute.so' 的包或者其中的某些依赖项。同时，报错信息中还提到了缺少 'libgfortran.5.dylib' 库文件。

解决这个问题的方法是重新安装 'impute' 包并确保所有依赖项都已安装。同时，还需要确保系统中存在 'libgfortran.5.dylib' 库文件。可以尝试以下步骤：

1. 重新安装 'impute' 包：

install.packages("impute")

2. 检查 'impute' 包是否已正确安装：

library(impute)

如果没有报错，说明包已成功安装。

3. 检查 'libgfortran.5.dylib' 库文件是否存在于系统中。如果不存在，需要先安装 'gfortran' 编译器：

brew install gcc

然后可以使用以下命令获取库文件路径：

find /usr/local/Cellar/gcc -name libgfortran.5.dylib

在终端中输入上述命令，找到 'libgfortran.5.dylib' 库文件所在的路径，并将其添加到系统库路径中：

export DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/path/to/libgfortran.5.dylib

将上述命令中的 '/path/to/' 替换为实际的路径。完成后，重新启动 R 并尝试加载 'impute' 包。

mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)

这段代码使用了 spdkit（Structure Property Development kit）和 ElasticModel 进行弹性力学计算，并使用 Mushybox 对体系进行周期性边界条件处理，最后使用 FIRE 算法进行能量最小化。

具体来说，代码中的 `mol_ini` 是原始分子结构，`clone()` 方法用于创建其副本 `mol`，以免改变原始分子结构。`spdkit.to_ase_atoms(mol)` 将其转换为 ASE 的 atoms 对象 `p1`，以便进行弹性力学计算。

`ElasticModel(mol, chemenv)` 创建了一个弹性模型，其中 `mol` 是分子结构，`chemenv` 是一个化学环境对象，用于指定原子类型和键长等信息。

`p1.set_calculator(calc_elastic)` 将弹性模型 `calc_elastic` 绑定到 `p1` 上，以便进行能量最小化计算。

`Mushybox(p1)` 对 `p1` 进行周期性边界条件处理，以便在计算中考虑体系的周期性。

`FIRE(box, maxstep=0.1)` 创建了一个 FIRE 算法对象 `dyn`，其中 `box` 是考虑周期性边界条件的 atoms 对象，`maxstep` 是最大步长。

`dyn.run(fmax=0.001, steps=100)` 运行 FIRE 算法进行能量最小化，`fmax` 是力的最大值，`steps` 是最大步数。