Traceback (most recent call last): File "frag-smart2.py", line 283, in <module> calc_elastic = ElasticModel(mol_ini) TypeError: init() missing 1 required positional argument: 'chemenv'。# 读取初始结构文件 mol_ini = Molecule.from_file('Fe32C3/10_1/POSCAR') # 将初始结构转换为ASE Atoms对象 #p1 = mol_ini.to_ase_atoms() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol_ini) # 定义ElasticModel计算器 calc_elastic = ElasticModel(mol_ini) # 将计算器设置为p1的计算器 p1.set_calculator(calc_elastic) # 将p1放入Mushybox对象中 box = Mushybox(p1) # 定义FIRE优化器 dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) # 进行晶胞优化 dyn.run(fmax=0.001, steps=100) # 将优化后的结构写回到POSCAR文件中 mol_opt = Molecule.from_ase_atoms(p1) mol_opt.to('POSCAR_optimized', fmt='vasp')。
时间: 2024-03-08 14:46:41 浏览: 215
根据你提供的代码,错误出现在创建ElasticModel对象时。从错误信息中可以看出,缺少一个名为"chemenv"的参数。这意味着ElasticModel类的构造函数需要接收一个名为"chemenv"的参数,但是你没有传递这个参数。因此,你需要在创建ElasticModel对象时传递这个参数。具体来说,你需要查看ElasticModel类的定义,找出"chemenv"参数的意义和用法,并在创建ElasticModel对象时传递正确的参数值。例如:
```
# 创建ElasticModel对象,并传递正确的参数值
calc_elastic = ElasticModel(mol_ini, chemenv=...)
```
需要注意的是,你需要根据你的代码和具体情况,填写正确的"chemenv"参数值。
相关问题
Traceback (most recent call last): File "frag-smart2.py", line 283, in <module> calc_elastic = ElasticModel(mol_ini) TypeError: __init__() missing 1 required positional argument: 'chemenv'
这个错误一般表示在创建ElasticModel对象时,你没有正确传递必要的参数。根据你提供的信息,看起来是缺少了一个名为"chemenv"的参数。你可以检查一下ElasticModel类的定义,确认这个参数是否确实是必需的,并且确认在创建ElasticModel对象时是否正确传递了这个参数。如果你无法确定问题所在,可以将相关代码片段贴出来,这样可能有助于更好地理解问题并找到解决方法。
Traceback (most recent call last): File "frag-smart2.py", line 269, in <module> submols = create_submols_for_files(files_ini[0:14], files_opt) File "frag-smart2.py", line 157, in create_submols_for_files assert mol1.natoms() == mol2.natoms() AssertionError
这个错误发生在 Python 脚本的第 269 行。从代码中看,该脚本在处理化学分子相关的数据。根据错误信息,可以发现在函数 `create_submols_for_files` 中,对两个分子进行比较时发生了错误,因为它们的原子数不相等。具体来说,代码在处理前 14 个输入文件时,发现了这个问题。
因此,你需要检查输入文件中这两个分子的原子数是否正确且相等。如果不相等,你需要找出原因并修复它。可能存在的原因包括文件格式错误、程序逻辑错误或其他问题。
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