在高斯输入文件中如何固定二面角
时间: 2024-02-18 08:00:54 浏览: 23
在高斯输入文件中,您可以使用`tors`关键字来固定分子中的二面角。具体来说,您需要指定需要固定的原子序号以及相应的二面角值。以下是一个示例:
```
torsion1 1 2 3 4 180.0
```
这个示例中,`torsion1`是您为该二面角命名的标识符,后面的四个数字分别是需要固定的四个原子的序号,最后是需要固定的二面角值(以度为单位)。在高斯计算中,如果您需要固定多个二面角,可以添加多个`tors`关键字,每个关键字对应一个二面角的固定。
需要注意的是,固定二面角会使得分子的构象受到限制,可能会影响计算结果。因此,固定二面角应该根据具体情况谨慎使用。
相关问题
编写高氯酸钾剥离两个氧原子进行柔性扫描的高斯输入文件
以下是一个基本的高斯输入文件示例,用于对高氯酸钾分子进行柔性扫描。你需要根据具体的模拟需求进行修改。
```
%Mem=1000MB
%NProc=4
#P B3LYP/6-31+G* opt freq
Title Card Required
0 1
Cl 0.000000 0.000000 0.000000
K 1.500000 0.000000 0.000000
O 0.000000 1.230000 0.000000
O 0.000000 -1.230000 0.000000
Bonds
1 2
1 3
1 4
Angle
2 1 3
2 1 4
3 1 4
Dihedral
3 1 2 4
Scan
D 4 0.0 360.0 10.0
--Link1--
%Mem=8000MB
%NProc=8
#P B3LYP/6-31+G* opt freq=ReadStep
geom=check guess=read
```
其中,第一部分 `%Mem` 和 `%NProc` 分别指定所需内存和处理器数量。
`#P` 指定所使用的计算方法,这里使用B3LYP/6-31+G*方法进行优化和频率计算。
`Title Card Required` 可以替换为任意你想要的标题。
`0 1` 指定分子的电荷和自旋多重度。这里假设分子带有一个正电荷。
接下来是分子的几何结构信息,包括原子名字和坐标。
`Bonds`、`Angle` 和 `Dihedral` 分别定义了分子中的键、角和二面角信息。
`Scan` 定义了需要进行柔性扫描的二面角。
`--Link1--` 定义了优化和频率计算的输入,其中 `%Mem` 和 `%NProc` 指定了更多的内存和处理器用于优化和频率计算。
这是一个基本的输入文件示例,你可以根据具体的模拟需求进行修改。需要注意的是,柔性扫描是一种比较复杂的计算过程,需要使用高级的分子模拟软件,如Amber、Gromacs等等。同时,需要对模拟结果进行仔细的分析和解释。
高斯对剥离出两个自由基的过渡态进行柔性扫描,提供一个输入文件
下面是一个使用高斯软件进行柔性扫描的输入文件示例,以剥离出两个自由基的过渡态为例:
```
%chk=filename.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest) freq=noraman b3lyp/6-31g(d,p)
Title
0 1
C -1.333891 0.755729 0.000000
H -1.768672 1.827271 0.000000
H -1.768672 -0.315813 0.000000
C -0.037327 1.411680 0.000000
C 1.231649 0.770414 0.000000
H 1.679174 1.800038 0.000000
H 1.679174 -0.259210 0.000000
C -0.037327 -0.997198 0.000000
C 1.231649 -0.355932 0.000000
H 1.679174 0.673692 0.000000
H 1.679174 -1.385556 0.000000
H -2.168628 0.784273 0.000000
H -2.168628 -0.276811 0.000000
B 4 9 S 8 1.0
B 4 5 S 8 1.0
B 5 6 S 8 1.0
B 5 7 S 8 1.0
B 4 8 S 8 1.0
B 8 10 S 8 1.0
B 8 11 S 8 1.0
B 9 12 S 8 1.0
B 9 13 S 8 1.0
B 13 14 S 8 1.0
B 1 2 S 8 1.0
B 1 3 S 8 1.0
D 4 5 7 8 S 40 1.0
```
其中,`B`表示化学键,`D`表示二面角(torsion angle),`S`后面的数字表示扫描范围(步数),`calcfc`表示使用力常数计算过渡态,`ts`表示计算过渡态,`noeigentest`表示不进行特征值测试以提高计算效率,`freq=noraman`表示计算振动频率而不考虑拉曼光谱。请将文件名`filename.chk`改为您想要的文件名。