在使用lammps过程中,怎么直接在data模型文件中添加相应的oplsaa力场参数
时间: 2024-02-16 11:05:22 浏览: 235
在LAMMPS中,要添加相应的oplsaa力场参数,需要在data文件中添加相应的分子结构描述和分子参数。下面是一个简单的oplsaa力场参数的例子:
```
LAMMPS Description
8 atoms
4 bonds
2 angles
1 dihedrals
1 impropers
Masses
1 12.01
2 1.008
3 14.01
4 15.99
Pair Coeffs
1 0.066 3.5508 # opls_135 C
2 0.044 2.4712 # opls_140 H
3 0.1521 3.0660 # opls_147 N
4 0.21 3.1504 # opls_157 O
Bond Coeffs
1 310.0000 1.090 # opls_135 C-H
2 469.8504 1.525 # opls_135 C-N
3 469.8504 1.525 # opls_147 N-H
4 379.0000 1.390 # opls_157 O-H
Angle Coeffs
1 37.8000 109.47 # opls_135 C-H-N
2 63.0000 120.00 # opls_135 C-N-H
3 63.0000 120.00 # opls_147 N-H-C
4 37.8000 109.47 # opls_157 H-O-H
Dihedral Coeffs
1 0.6300 -1 2 # opls_157 H-O-C-C
2 0.0700 3 2 # opls_135 C-C-H-N
3 0.0700 3 2 # opls_135 C-C-N-H
Improper Coeffs
1 0.055 0 # opls_157 O-C-C-H
Atoms
1 1 1 0.0 0.0 0.0 # C
2 1 2 0.0 1.09 0.0 # H
3 1 3 0.0 1.40 1.09 # N
4 1 4 0.0 1.40 -1.09 # O
5 1 1 1.53 0.0 0.0 # C
6 1 2 1.92 1.07 0.0 # H
7 1 1 -1.53 0.0 0.0 # C
8 1 2 -1.92 -1.07 0.0 # H
Bonds
1 1 2
2 1 3
3 1 5
4 5 6
Angles
1 2 1 3
2 1 3 4
3 2 1 5
4 3 1 5
Dihedrals
1 4 1 5 6
2 2 1 5 7
3 3 1 5 7
Impropers
1 4 1 5 7 8
```
上面的例子中,首先定义了4种原子的质量,然后定义了4种原子的pair系数、4种键的bond系数、4种角的angle系数、1种二面角的dihedral系数和1种不当角的improper系数。接着定义了8个原子的坐标和类型,以及4个键、2个角、1个二面角和1个不当角的连接方式。这些参数都是oplsaa力场的标准参数,可以在oplsaa力场文献中找到。将这些参数添加到data文件中,就可以使用oplsaa力场模拟相应的分子了。
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