lammps中compute的stress怎么在dump中输出矢量

在LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）中，`compute stress`主要用于计算系统的应力张量，这是一个3x3的矩阵，表示了各个方向的应力。默认情况下，`compute stress`的结果会在`thermo_style`的输出中显示出来，但并不包含作为原子尺度矢量的形式。

如果你需要将`compute stress`的结果以每个原子的力场矢量的形式存储在dump文件中，你可以这样做：

1. 首先，在你的input文件中添加一个新的`dump`命令，指定你想保存的位置和格式。例如，假设你想在每一步模拟后都将原子位置和应力矢量一起保存到一个名为"my.dump"的二进制文件：

dump my.dump all custom 1000 binary "positions_stress.bin"

这里的`all`指所有粒子，`custom`表明自定义内容，`1000`是写入频率，`binary`指定二进制格式。

2. 然后，使用`variable`来创建一个新的变量，以便储存原子坐标和每个原子的应力矢量分量。例如，你可以创建三个变量`stress_xx`, `stress_yy`, 和 `stress_zz`分别对应于x、y、z方向的主应力：

variable stress_xx = c_stress[0][0]
variable stress_yy = c_stress[1][1]
variable stress_zz = c_stress[2][2]

# 如果你想计算切应力，还可以创建更多变量
variable shear_xy = c_stress[0][1] / 2.0
variable shear_xz = c_stress[0][2] / 2.0
variable shear_yz = c_stress[1][2] / 2.0

这里`c_stress`是你之前定义的计算应力的`compute`名称，如`compute stress/atom`。

3. 最后，在`dump my.dump`的`variable`部分，添加你刚刚创建的变量名，格式化成你想要的矢量形式。例如：

dump my.dump all custom 1000 binary "positions_stress.bin" position 1 id type stress_xx stress_yy stress_zz shear_xy shear_xz shear_yz

请注意，这将把每个原子的信息都存储下来，可能会占用大量磁盘空间。同时，你可能需要额外处理这些数据以提取出所需的信息。