LAMMPS中 dump mydump all custom 10000 dump.lammpstrj什么意思

这行命令告诉 LAMMPS 将所有 atoms 的信息以自定义的方式输出到名为 "dump.lammpstrj" 的文件中，每 10000 个时间步输出一次。其中，"mydump" 是 dump 文件的 ID，"all" 意味着输出所有 atoms 的信息，"custom" 意味着以自定义的方式输出信息。具体的自定义方式需要在后续的命令中指定。

相关问题

lammps中Could not find dump custom variable name

在LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大型原子分子并行模拟器）中，遇到 "Could not find dump custom variable name" 错误通常意味着你在尝试读取或写入自定义变量（custom variable），而这个变量名在当前运行的dump命令配置中并未找到。

LAMMPS支持用户自定义变量来存储特定的数据，比如模拟过程中的状态信息。当你在`.dump`命令中指定一个未在数据文件中定义的变量名，如：

.dump varname all custom 10000 id x y z

如果尝试访问的 `varname` 并没有被前面的 `.variable` 或者`.dump` 命令设置过，就会出现上述错误提示。

解决这个问题的方法有两步：
1. 确认你在 `.variable` 命令中已经定义了想要使用的自定义变量，例如：

   .variable my_variable atom_style atomic position

2. 检查`.dump` 命令是否正确引用了已定义的变量，如果是`custom` 类型，确保变量名称匹配：

   .dump my_dump all custom 10000 my_variable id x y z

如果你确信已经定义了正确的变量，检查你的输入脚本是否有拼写错误或其他语法问题。

lammps中compute的stress怎么在dump中输出矢量

在LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）中，`compute stress`主要用于计算系统的应力张量，这是一个3x3的矩阵，表示了各个方向的应力。默认情况下，`compute stress`的结果会在`thermo_style`的输出中显示出来，但并不包含作为原子尺度矢量的形式。

如果你需要将`compute stress`的结果以每个原子的力场矢量的形式存储在dump文件中，你可以这样做：

1. 首先，在你的input文件中添加一个新的`dump`命令，指定你想保存的位置和格式。例如，假设你想在每一步模拟后都将原子位置和应力矢量一起保存到一个名为"my.dump"的二进制文件：

dump my.dump all custom 1000 binary "positions_stress.bin"

这里的`all`指所有粒子，`custom`表明自定义内容，`1000`是写入频率，`binary`指定二进制格式。

2. 然后，使用`variable`来创建一个新的变量，以便储存原子坐标和每个原子的应力矢量分量。例如，你可以创建三个变量`stress_xx`, `stress_yy`, 和 `stress_zz`分别对应于x、y、z方向的主应力：

variable stress_xx = c_stress[0][0]
variable stress_yy = c_stress[1][1]
variable stress_zz = c_stress[2][2]

# 如果你想计算切应力，还可以创建更多变量
variable shear_xy = c_stress[0][1] / 2.0
variable shear_xz = c_stress[0][2] / 2.0
variable shear_yz = c_stress[1][2] / 2.0

这里`c_stress`是你之前定义的计算应力的`compute`名称，如`compute stress/atom`。

3. 最后，在`dump my.dump`的`variable`部分，添加你刚刚创建的变量名，格式化成你想要的矢量形式。例如：

dump my.dump all custom 1000 binary "positions_stress.bin" position 1 id type stress_xx stress_yy stress_zz shear_xy shear_xz shear_yz

请注意，这将把每个原子的信息都存储下来，可能会占用大量磁盘空间。同时，你可能需要额外处理这些数据以提取出所需的信息。