blast查询短序列的参数

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）查询短序列时，建议使用以下参数：

1. Program: BLASTN
2. Database: nt（核苷酸序列数据库）
3. Word size: 7-11
4. Expect threshold: 10
5. Max target sequences: 100
6. Scoring matrix: Standard nucleotide（默认）

这些参数可用于查询长度为100bp以下的短序列。如果查询的序列长度大于100bp，则建议将Word size增加到更大的值，例如15-20。此外，还可以使用其他参数来调整BLAST查询的性能和结果。

相关问题

blast过滤短序列的参数

BLAST有一些参数可以用于过滤掉短序列，例如：

1. `-qcov_hsp_perc`：用于设置查询序列与比对结果的匹配比例。较小的`qcov_hsp_perc`值可以过滤掉匹配比例较低的结果。

2. `-dust`：用于过滤掉低复杂度序列。低复杂度序列通常由重复、简单序列或低复杂度区域组成，这些序列可能会干扰比对结果。

3. `-max_hsps`：用于设置每个查询序列最大比对次数。较小的`max_hsps`值可以过滤掉比对次数过多的结果。

4. `-max_target_seqs`：用于设置最大比对序列数。较小的`max_target_seqs`值可以过滤掉比对序列数过多的结果。

例如，以下命令使用`blastn`任务、`-qcov_hsp_perc 80`、`-dust no`、`-max_hsps 1`和`-max_target_seqs 10`参数来过滤掉短序列：

blastn -task blastn -qcov_hsp_perc 80 -dust no -max_hsps 1 -max_target_seqs 10 -query query.fasta -db nr -out output.txt

您可以根据需要尝试不同的参数值来优化比对结果。

blast各种参数调精度 短序列

如果您需要对短序列进行BLAST比对，可以考虑以下参数调整来提高比对的精度：

1. `-task blastn-short`：用于对相对较短的核酸序列进行比对，比默认的`blastn`更适用于短序列。例如：

   blastn -task blastn-short -query query.fasta -db nr -out output.txt

2. `-word_size`：用于设置比对时匹配的最小长度。较小的`word_size`值可以提高比对的敏感度，但也会增加错误匹配的可能性。建议尝试不同的`word_size`值来寻找最佳的比对参数。

3. `-evalue`：用于设置期望的比对得分阈值。较小的`evalue`值可以提高比对的精度，但也会减少比对的数量。建议根据需要进行调整。

4. `-max_target_seqs`：用于设置最大比对序列数。较小的`max_target_seqs`值可以提高比对的精度，但也会减少比对的数量。建议根据需要进行调整。

例如，以下命令使用`blastn-short`任务、`-word_size 7`、`-evalue 0.001`和`-max_target_seqs 10`参数来比对`query.fasta`文件中的短序列：

blastn -task blastn-short -word_size 7 -evalue 0.001 -max_target_seqs 10 -query query.fasta -db nr -out output.txt

您可以根据需要尝试不同的参数值来优化比对结果。