Error: unexpected symbol in: "scale_shape_manual(values = c("山核桃纯林" = 0, "山核桃混林" = 1, "香榧纯林" = 10, "香榧混林" = 11) p"出现了这个问题怎么办

错误信息提示在R语言代码中遇到了意外的符号。从提供的代码来看，可能是形参语法方面的小问题。`scale_shape_manual`函数用于自定义形状映射，但似乎你忘记给`labels`参数赋值，导致了语法解析错误。

这是修正后的代码示例：

p <- ggplot(gh, aes(x = `PAR(µmol mol-1)`, y = `Photosynthetic rate(µmol m-2 s-1)`, shape = 处理)) +
  geom_point(size = 1.5) +
  geom_smooth(..., ...) +
  scale_shape_manual(values = c("山核桃纯林" = 0, "山核桃混林" = 1, "香榧纯林" = 10, "香榧混林" = 11),
                    labels = c("山核桃纯林", "山核桃混林", "香榧纯林", "香榧混林")) # 添加labels并修正格式

# 确保`处理`列存在于你的data框`gh`中，并且名称准确无误。

在这个修正版中，我添加了`labels`参数，给每个形状分配了相应的处理名称，并调整了列表结构使其匹配`values`部分的键值对。如果`处理`不是字符串形式，需要先将其转换。另外，`geom_smooth`部分的省略是因为之前已经给出了完整的`method.args`，此处未列出具体内容。请确保这部分也是正确的，并根据实际情况调整。

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Error: unexpected symbol in: "bca_out_dat <- extract_outcome_data(snps = asm_exp_dat$SNP, outcomes = 'ieu-a-1127' bca_out"

这个错误是因为在代码行末尾缺少逗号或分号，导致R无法正确解析该行代码。你需要检查该行代码，并确保语法正确。在这行代码中，你漏掉了逗号，应该是这样的：

bca_out_dat <- extract_outcome_data(snps = asm_exp_dat$SNP, outcomes = 'ieu-a-1127', bca_out)

请注意，我在 `outcomes` 和 `bca_out` 参数之间添加了逗号。

Error: unexpected symbol in: "cox_model <- coxph(Surv(T, E) ~ original:firstorder:RobustMeanAbsoluteDeviation + log-sigma-4-0-mm-3D"

这个错误是因为变量名中含有特殊字符（如'-'），需要使用反引号（`）将变量名括起来，以避免 R 解释器将其识别为语法错误。

以下是修正后的代码：

library(survival)

# 基于数据集df构建COX模型
cox_model <- coxph(Surv(T, E) ~ `original:firstorder:RobustMeanAbsoluteDeviation` + 
                        `log-sigma-4-0-mm-3D:firstorder:InterquartileRange` + 
                        `log-sigma-5-0-mm-3D:glszm:SmallAreaEmphasis` + 
                        `wavelet-LLH:firstorder:InterquartileRange` + 
                        `wavelet-LLH:firstorder:Uniformity` + 
                        `wavelet-HHL:firstorder:Mean` + 
                        `wavelet-HHH:firstorder:Mean` + 
                        `wavelet-LLL:glcm:Autocorrelation` + 
                        `wavelet-LLL:glcm:ClusterProminence`, data = df)

# 输出COX模型的摘要信息
summary(cox_model)

请注意，变量名使用反引号括起来是一种处理含有特殊字符的变量名的通用方法，可以在其他情况下使用。