计算片段出现的频率
时间: 2023-09-07 18:13:37 浏览: 109
matlab读入英文文本并计算每个字符出现的频率
好的,以下是一个简单的示例Python代码,用于计算SMILES字符串中分子片段的频率:
```python
from collections import Counter
from rdkit import Chem
# 定义SMILES字符串
smiles = "CC(C)CCOC(=O)C1=CC=C(C=C1)N"
# 定义分子片段
fragments = ["C(=O)", "C=C", "C#N"]
# 将SMILES字符串转换为RDKit分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 对于每个分子片段,计算其在SMILES字符串中出现的次数
counts = []
for fragment in fragments:
submol = Chem.MolFromSmarts(fragment)
matches = mol.GetSubstructMatches(submol)
counts.append(len(matches))
# 计算每个分子片段在SMILES字符串中出现的频率
total_count = sum(counts)
frequencies = [count / total_count for count in counts]
# 输出结果
for fragment, frequency in zip(fragments, frequencies):
print(f"{fragment}: {frequency}")
```
在示例中,我们将SMILES字符串定义为`smiles`变量,并定义了三个分子片段。然后,我们使用RDKit的`MolFromSmiles`函数将SMILES字符串转换为分子对象,使用`MolFromSmarts`函数将每个分子片段转换为子结构,使用`GetSubstructMatches`函数计算每个分子片段在分子中出现的次数。最后,我们计算每个分子片段在SMILES字符串中出现的频率,并将结果打印到控制台。
阅读全文