计算片段在分子中出现频率

以下是一个使用RDKit库计算分子中某个给定片段出现频率的Python代码示例：

from rdkit import Chem

# 定义待匹配的分子和片段 SMILES 字符串
mol_smiles = 'CC(=O)Nc1ccc(cc1)C(=O)NCC(=O)O'
substructure_smiles = 'c1ccc(cc1)'

# 将 SMILES 字符串转化为分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles(mol_smiles)
substructure = Chem.MolFromSmiles(substructure_smiles)

# 获取片段的 SMARTS 字符串
substructure_smarts = Chem.MolToSmarts(substructure)

# 使用 SMARTS 模式匹配分子中所有出现的片段
matches = mol.GetSubstructMatches(Chem.MolFromSmarts(substructure_smarts))

# 输出片段出现的次数
print('片段出现次数：', len(matches))

该代码会输出给定分子中某个给定片段出现的次数。其中，`GetSubstructMatches()` 方法可以用来匹配分子中所有出现的片段，返回匹配的原子序号列表。如果需要计算不重复的片段出现次数，可以使用 Python 的 set() 函数进行去重。