R语言计算blup值代码
时间: 2023-07-24 14:27:53 浏览: 294
在 R 语言中,计算 Blup 值需要使用 BLUP 程序包。以下是一个简单的 Blup 计算代码示例:
首先,安装 BLUP 程序包:
```
install.packages("BLUP")
```
然后,加载 BLUP 程序包:
```
library(BLUP)
```
接着,准备数据。假设我们有一个数据框 df,其中包括了目标动物的表现数据和家族信息:
```
df <- data.frame(
animal_id = c(1, 2, 3, 4, 5),
phenotype = c(120, 140, 110, 130, 150),
sire_id = c(NA, 1, 2, 1, 2),
dam_id = c(NA, 3, 4, 3, 4)
)
```
其中,animal_id 是动物的唯一标识符,phenotype 是表现数据,sire_id 和 dam_id 是亲代的 animal_id。
接下来,构建一个数据框,包括所有动物的 animal_id 和遗传联系矩阵(A 矩阵):
```
A <- makeAinv(df$animal_id, df$sire_id, df$dam_id)
A_df <- data.frame(animal_id = df$animal_id, A = A)
```
然后,使用 lmer 函数拟合一个线性模型:
```
model <- lmer(phenotype ~ (1 | animal_id), data = df)
```
最后,使用 blup 函数计算 Blup 值:
```
blup_values <- blup(model, A_df, "A")
```
运行完毕后,blup_values 将包含每个动物的 Blup 值。
注意:这只是一个简单的示例,实际应用中需要根据具体情况调整代码。
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