在4.1.3版本的R语言中建立ergm模型,参照分布项设置为泊松分布,引入关键的包,对模型分别使用MH采样函数以及Gibbs采样函数下的MCMC算法对模型进行参数估计,绘制后验密度、迭代轨迹、自相关图像
时间: 2024-02-03 21:15:18 浏览: 71
首先,需要安装并加载ergm包和MCMC包:
```R
install.packages("ergm")
install.packages("MCMC")
library(ergm)
library(MCMC)
```
接着,我们需要导入数据集,这里以美国南部猴面包树数据为例:
```R
data("florentine")
```
然后,我们可以使用ergm()函数来建立模型,设置分布项为泊松分布:
```R
model <- ergm(florentine ~ edges + mutual + gwesp(0.5, fixed = TRUE),
response = "poisson")
```
其中,florentine是数据集的名称,edges表示边的数量,mutual表示互惠边的数量,gwesp(0.5, fixed = TRUE)表示广义指数模型。response参数设置为"poisson"表示使用泊松分布作为分布项。
接下来,我们可以使用MH采样函数对模型进行参数估计:
```R
set.seed(123)
fit1 <- ergm.fit(model, method = "MCMC", control = list(MCMC.samplesize = 10000))
```
其中,set.seed()函数用于设置随机数生成器的种子,以确保结果的可重复性。ergm.fit()函数用于拟合模型,method参数设置为"MCMC"表示使用MCMC算法,control参数用于设置MCMC算法的参数,这里设置MCMC.samplesize为10000。
同样的,我们也可以使用Gibbs采样函数对模型进行参数估计:
```R
set.seed(123)
fit2 <- ergm.fit(model, method = "Gibbs", control = list(MCMC.samplesize = 10000))
```
参数设置同样是一样的,只需要将method参数设置为"Gibbs"即可。
现在,我们可以绘制后验密度、迭代轨迹、自相关图像,来检查我们的采样是否收敛:
```R
plot(fit1)
```
```R
plot(fit2)
```
这里只展示了MH采样函数的结果,Gibbs采样函数的结果也可以通过类似的代码进行绘制。
阅读全文