predictions = [] for i in range(len(val_dataset.columns)): if i == 0: predictions.append(np.mean(train_dataset[train_dataset.columns[-30:]].values, axis=1)) if i < 31 and i > 0: predictions.append(0.5 * (np.mean(train_dataset[train_dataset.columns[-30+i:]].values, axis=1) + \ np.mean(predictions[:i], axis=0))) if i > 31: predictions.append(np.mean([predictions[:i]], axis=1)) predictions = np.transpose(np.array([row.tolist() for row in predictions])) 作用分析

时间: 2024-01-31 11:02:58 浏览: 111
这段代码的作用是生成一组预测值(predictions)。 首先,通过循环遍历数据集的每一列,其中第一列(i==0)的预测值是训练集(train_dataset)中最后30列数据的平均值(np.mean(train_dataset[train_dataset.columns[-30:]].values, axis=1))。 对于其他列,i在1到31之间时,预测值是前i-1个预测值和训练集中后30+i列数据的平均值的平均值(0.5 * (np.mean(train_dataset[train_dataset.columns[-30+i:]].values, axis=1) + np.mean(predictions[:i], axis=0)))。 当i大于31时,预测值是前i-1个预测值的平均值的平均值(np.mean([predictions[:i]], axis=1))。 最后,将生成的所有预测值转置为矩阵(np.transpose)并返回。
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scaler = MinMaxScaler() train_data_scaled = scaler.fit_transform(train_data) X=[] y=[] for i in range(len(train_data_scaled)-max(n_predictions)): X.append(train_data_scaled[i:i+1,1:5]) y.append(train_data_scaled[i:i+1,0:1])基于以上代码帮我编写一个可以多步预测的LSTM模型

好的,以下是一个基于以上代码的多步预测的LSTM模型: ```python from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler from tensorflow.keras.models import Sequential from tensorflow.keras.layers import LSTM, Dense # 将数据进行归一化 scaler = MinMaxScaler() train_data_scaled = scaler.fit_transform(train_data) # 定义函数,用于将数据转换为LSTM所需的格式 def create_dataset(X, y, time_steps=1): Xs, ys = [], [] for i in range(len(X) - time_steps): Xs.append(X[i:(i + time_steps)]) ys.append(y[i + time_steps]) return np.array(Xs), np.array(ys) # 定义超参数 n_predictions = 3 n_features = 4 n_units = 32 n_epochs = 100 batch_size = 32 # 将数据转换为LSTM所需的格式 X, y = create_dataset(train_data_scaled[:, [0, 1, 2, 3]], train_data_scaled[:, [4]], n_predictions) # 构建LSTM模型 model = Sequential() model.add(LSTM(n_units, activation='relu', input_shape=(n_predictions, n_features))) model.add(Dense(1)) model.compile(optimizer='adam', loss='mse') # 训练模型 model.fit(X, y, epochs=n_epochs, batch_size=batch_size, verbose=1) # 进行多步预测 predictions = [] current_batch = train_data_scaled[-n_predictions:, 1:5].reshape(1, n_predictions, n_features) for i in range(n_predictions): current_pred = model.predict(current_batch)[0] predictions.append(current_pred) current_batch = np.append(current_batch[:, 1:, :], [[current_pred]], axis=1) # 将预测结果进行逆归一化 predictions = scaler.inverse_transform(predictions) ``` 该模型使用了一个LSTM层和一个全连接层,其中LSTM层的输出被连接到Dense层进行最终预测。训练过程中使用均方误差作为损失函数,Adam优化器进行参数更新。在进行多步预测时,模型首先使用最后n_predictions个数据点进行初始化,然后进行n_predictions次预测,每次预测使用上一次的预测结果作为输入。最后,将预测结果进行逆归一化,得到最终的预测结果。

修正以下代码cntr, u, u0, d, jm, p, fpc = fuzz.cluster.cmeans(train_X.T, 3, 2, error=0.005, maxiter=1000, init=None) train_u, _, _, _, _, _, = fuzz.cluster.cmeans_predict(train_X.T, cntr, 2, error=0.005, maxiter=1000) train_predictions = np.argmax(train_u, axis=0) train_accuracy = accuracy_score(train_y, train_predictions) print(train_y) print(train_predictions) train_y = np.array(train_y) train_u = np.array(train_u) train_auc = roc_auc_score(train_y, train_u.T, multi_class='ovo') loss = np.sum((train_u - train_y.reshape(-1,1)) ** 2) loss_curve.append(loss) accuracy_curve.append(train_accuracy) auc_curve.append(train_auc)

这段代码看起来是使用模糊聚类算法(Fuzzy C-Means)对训练数据进行聚类,并计算训练数据的准确率、AUC以及损失函数。不过代码有一点小问题,应该按照以下方式进行修正: ```python cntr, u, u0, d, jm, p, fpc = fuzz.cluster.cmeans(train_X.T, 3, 2, error=0.005, maxiter=1000, init=None) train_u, _, _, _, _, _, = fuzz.cluster.cmeans_predict(train_X.T, cntr, 2, error=0.005, maxiter=1000) train_predictions = np.argmax(train_u, axis=0) train_y = np.array(train_y) train_accuracy = accuracy_score(train_y, train_predictions) print(train_y) print(train_predictions) train_auc = roc_auc_score(train_y, train_u.T, multi_class='ovo') loss = np.sum((train_u - train_y.reshape(-1,1)) ** 2) loss_curve.append(loss) accuracy_curve.append(train_accuracy) auc_curve.append(train_auc) ``` 主要的修改包括: 1. 将 `train_y` 转换为 `numpy` 数组类型。 2. 将计算准确率 `train_accuracy` 的位置调整到 `train_predictions` 后面。 3. 将 `train_auc` 的计算放在 `train_accuracy` 后面,因为需要使用 `train_u`。 4. 将 `loss_curve`、`accuracy_curve` 和 `auc_curve` 的更新放在最后。
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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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