blastn如何按照相似度98%和覆盖度80%去除相似的核酸序列，命令举例 。

BLASTN (Basic Local Alignment Search Tool for Nucleotides) 是一种用于查找DNA、RNA或蛋白质数据库中的核苷酸序列相似片段的工具。对于去除相似度达到98%并保持覆盖度80%以上的序列，通常需要结合BLAST的结果分析和一些脚本语言（如Perl、Python或bash）进行筛选。

以下是一个基本的步骤示例：

1. 使用BLASTN生成比对结果：

blastn -query your_input_sequence.fasta -db reference_database.fasta -query` 是你要搜索的目标序列文件；
- `-db` 是参考数据库；
- `-outfmt 6` 表示输出格式为6列，适合进一步处理；
- `-perc_identity` 指定最低匹配比例，这里是98%;
- `-coverage` 设置最低覆盖度，这里是80%。

2. 筛选结果：BLAST会输出一个文本文件，你可以用perl或python读取这个文件，根据`identity`（相似度）和`length`（覆盖长度）来过滤掉相似度超过98%且覆盖度不到80%的条目。下面是一个简单的Perl脚本示例：

open(my $fh, '<', 'blast_results.txt') or die "Could not open file: $!";
while (my $line = <$fh>) {
chomp $line;
my ($seq_id, $subject_id, $pident, $alen, $mismatch, $gap_open, $qstart, $qend, $sstart, $send, $evalue, $bitscore) = split /\t/, $line;
if ($pident >= 98 && $alen / length($subject_id) >= 0.8) {
# 这里可以将满足条件的序列保存到新的文件或其他数据结构中
}
}
close($fh);

请注意这只是一个基本的示例，实际应用可能需要根据你的需求调整。运行此命令前，请确保BLAST和Perl都已经安装在你的系统上，并适当修改文件路径。