cd /Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ ls *_blastn.out.unique | awk -F '_' '{print $2}' > /Analysis_B/20220326_JNILI/010_blastn_virus/blastn_virus.list for j in `cat /Analysis_B/20220326_JNILI/010_blastn_virus/blastn_virus.list` do echo ${j} grep -i "virus" /Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/JN_${j}_blastn.out.unique > JN_${j}_blastout_rename.txt cat *.txt > output.txt done;这段代码是什么意思
时间: 2024-02-19 08:00:34 浏览: 121
BRIG-0_bioinformatics_BRIG_BRIG-0.95-dist_源码.zip
这段代码的作用是在指定的文件夹(/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/)下,找到所有以"_blastn.out.unique"结尾的文件,提取文件名中第二个下划线后面的字符串作为变量j的值,并将j的值输出。然后在007_blastn文件夹下查找文件名中包含"virus"的行,并将结果写入以JN_${j}_blastout_rename.txt命名的文件中。最后将所有的txt文件内容合并成一个output.txt文件。这段代码主要的目的是对blastn分析的结果进行处理,提取出和病毒相关的序列信息。
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