blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique帮我解析一下这段代码
时间: 2024-02-19 13:00:49 浏览: 88
BRIG-0_bioinformatics_BRIG_BRIG-0.95-dist_源码.zip
这段代码是用于执行Blastn比对,并处理Blastn比对结果的操作。下面是它的详细解释:
1. `blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5`:这是Blastn的命令行,其中`${Diamond_file_in}`是输入的序列文件路径,`/home/Reference_database/NCBI_db_nt/`是参考数据库的路径,`${Blast_out}${SampleID}_blastn.out`是输出结果文件的路径和文件名,`-num_threads 12`表示使用12个线程进行比对,`-outfmt 6`指定输出格式为表格格式,接下来的各个参数指定了输出表格中每一列的信息。
2. `awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique`:这是用于处理Blastn比对结果的操作,其中`${Blast_out}${SampleID}_blastn.out`是Blastn比对输出的结果文件,`> ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique`表示将处理结果输出到`${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique`文件中。`awk -F$'/t' '!seen[$1]++'`是一个awk命令,它的作用是将`${Blast_out}${SampleID}_blastn.out`文件中的重复行去除,只保留第一次出现的行。其中`-F$'/t'`指定了表格文件的分隔符为制表符,`!seen[$1]++`表示只输出第一次出现的行,去除重复行。
因此,这段代码的作用是将`${Diamond_file_in}`中的序列文件与参考数据库中的核酸序列进行比对,并将比对结果输出到`${Blast_out}${SampleID}_blastn.out`文件中,然后使用awk命令去除比对结果中的重复行,并将处理结果输出到`${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique`文件中。
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