N_allfiles <- list.files(path="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/",pattern ="*_blastout_rename.txt") N_Total.data <- data.frame() for (i in N_allfiles){ N_path <- paste(path="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/", i, sep="") N_A <- read.table(N_path,sep="") N_B <- strsplit(i,"_") i <- N_B[[1]][1] N_A$Sample <- i N_Total.data <- rbind(N_Total.data, N_A) } write.csv(N_Total.data, file ="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/SampleID_blastN.csv",row.names = F)这段代码什么意思
时间: 2024-02-19 17:00:33 浏览: 87
ncbi_cxx--7_0_0.tar.gz_blast_cxx7_it_ncbi_ncbi_cxx--7_0_0
这段代码的作用是将/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/文件夹下所有名字以"_blastout_rename.txt"结尾的文件读取并合并为一个数据框N_Total.data,并将合并后的数据框写入一个csv文件中。具体实现过程如下:
1. 使用list.files函数获取/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/文件夹下所有名字以"_blastout_rename.txt"结尾的文件名,保存到N_allfiles变量中。
2. 创建一个空数据框N_Total.data。
3. 使用for循环遍历N_allfiles列表,对于列表中的每一个文件名i,执行以下操作:
a. 将文件路径拼接到N_path变量中。
b. 使用read.table函数读取文件内容到N_A数据框中。
c. 使用strsplit函数将文件名i按"_"分割,获取第一个分割出来的字符串,即样本ID,并将其保存到i变量中。
d. 将样本ID作为新列Sample添加到N_A数据框中。
e. 使用rbind函数将N_A数据框合并到N_Total.data数据框中。
4. 使用write.csv函数将合并后的数据框N_Total.data写入到/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/SampleID_blastN.csv文件中,设置row.names参数为F表示不写入行名。
综上,这段代码主要的目的是对blastn分析的结果进行处理,将所有样本的结果合并为一个csv文件,并添加样本ID作为新的一列。
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