TRINITY_DN43755_c6_g1_i1 len=215 path=[0:0-214] 215 WP_016980786.1 91.5 47 147 7 3.55e-16 76.3 83554;1112251 WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci] WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci]<>EPJ30284.1 retrovirus-related Pol polyLINE-1 domain protein, partial [Chlamydia psittaci 99DC5] Chlamydia psittaci;Chlamydia psittaci 99DC5 这个blastx的结果代表什么
时间: 2024-02-19 07:00:37 浏览: 21
这个blastx的结果代表查询序列TRINITY_DN43755_c6_g1_i1与参考数据库中的WP_016980786.1序列匹配,匹配度为91.5%,匹配长度为47个氨基酸,查询序列的起始位置为7,终止位置为147,E值为3.55e-16,比特分数为76.3。参考序列的分类信息为Chlamydia psittaci;Chlamydia psittaci 99DC5。参考序列的标题为"WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci]",所有标题为"WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci]<>EPJ30284.1 retrovirus-related Pol polyLINE-1 domain protein, partial [Chlamydia psittaci 99DC5]"。这个结果表明查询序列与参考序列具有较高的相似性,可能具有相似的功能或结构。
相关问题
for i in `cat /home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list`
这段代码是一个 shell 脚本中的 for 循环语句,用于遍历 `/home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list` 文件中的每一行内容,并将其赋值给变量 `i`。
具体来说,该语句使用反引号 `` `` 将一个命令 `cat /home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list` 的输出作为循环的输入。这个命令的作用是将 `/home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list` 文件的内容输出到标准输出流中。反引号 `` `` 将这个输出作为字符串返回,并赋值给循环变量 `i`。
因此,这个 for 循环的作用是遍历 `${j}grep_trinity.list` 文件中的每一行内容,并将其赋值给变量 `i`,以便后续进行处理。
Trinity min_kmer_cov
Trinity是一个广泛使用的转录组组装软件。min_kmer_cov是在Trinity组装过程中用于过滤低频kmer的参数。具体来说,它是指在Trinity组装时,只有那些在读取中至少出现min_kmer_cov次的k-mer才会被保留。min_kmer_cov的默认值为2,但在某些情况下,将其设置为更高的值可能会改善组装的质量。这个参数的选择取决于所使用的数据集的大小和质量,以及组装的目的。